peliuransa jälkeen Renteria on pysynyt baseballissa. Ensimmäisen minor league managerin pestinsä hän teki vuonna 1998 Brevard County Manateesin riveissä Marlinsin organisaatiossa. Hän jatkoi Marlinsin organisaatiossa vuoteen 2001 saakka. Vuonna 2003 hänet nimettiin Lake Elsinore Stormin lyöjävalmentajaksi Padresin organisaatioon, ja vuonna 2004 hänestä tuli Stormin manageri. Kolmen Stormissa vietetyn kauden jälkeen, vuonna 2007 hän siirtyi Triple-A: han Portland Beaversiin. Hänet ylennettiin pääsarjavalmentajaksi vuonna 2008.

Renteria siirtyi kaudeksi 2011 Padresin penkkivalmentajaksi. Hän luotsasi myös Meksikon baseballjoukkuetta vuoden 2013 World Baseball Classic-turnauksessa. Marraskuuta 2013 Renteria palkattiin Chicago Cubsin päävalmentajaksi. Yhden kauden jälkeen hänet irtisanottiin 31. lokakuuta 2014, viikko Cubsin seuraajan Joe Maddonin purettua sopimuksensa Tampa Bay Raysin kanssa.

kaudeksi 2016 Chicago White Sox palkkasi Renterian penkkivalmentajakseen.

kaudeksi 2017 Renteria korvasi White Soxin managerin Robin Venturan. Renteria oli Chicagon baseball-historian toinen manageri Johnny Eversin jälkeen, joka on hallinnoinut molempia kaupungin franchising-otteluita. Vuonna 2017 hänet erotettiin seitsemän kertaa, enemmän kuin kukaan muu manageri pääsarjoissa. Vuonna 2020 hän vei White Soxin pudotuspeleihin ensimmäistä kertaa sitten vuoden 2008. He hävisivät villi kortti-sarjassa kolmessa ottelussa Oakland Athleticsille. Lokakuuta White Sox ilmoitti, ettei Renteria palaa manageriksi, ja päätti hänen kautensa joukkueessa, kun hänen sopimustaan oli jäljellä vuosi. Hänen kokonaisennätyksensä neljällä kaudella Soxissa oli 236-309.