Puede producirse sequedad temporal de nariz y garganta, irritación, sangrado o sabor u olor desagradables. Rara vez se informa de perforación del tabique nasal. Se han reportado infecciones raras, pero localizadas de la nariz y la faringe con Candida albicans y el uso a largo plazo puede aumentar la probabilidad de cataratas o glaucoma.

El aerosol nasal de flunisolida se absorbe en el sistema circulatorio (sangre). Los aerosoles nasales con corticosteroides pueden afectar a la función del eje hipotalámico-hipofisario-suprarrenal en humanos. Una vez obtenido el efecto clínico deseado, la dosis de mantenimiento debe reducirse a la cantidad más pequeña necesaria para controlar los síntomas, que puede ser tan baja como 1 pulverización en cada fosa nasal al día. El uso de la dosis mínima efectiva reducirá la posibilidad de efectos secundarios. Las cantidades recomendadas de corticosteroides intranasales generalmente no se asocian con efectos secundarios sistémicos.

Los corticosteroides inhiben la cicatrización de heridas. Por lo tanto, uso de aerosoles nasales con corticosteroides en pacientes que han sufrido úlceras septales nasales recientes, epistaxis recurrente, cirugía nasal o traumatismo, se debe utilizar un corticosteroide nasal con precaución hasta que se haya producido la curación. En el embarazo, las dosis recomendadas de corticosteroides intranasales son seguras y eficaces.