összeütközésbe került IV. Fülöp Franciaországgal
IV.Fülöp ellenezte vagy akár meg is akadályozta a Clericis laicos kiadását azzal a paranccsal, amely megtiltotta a pénz és értéktárgyak Franciaországból történő kivitelét és a külföldi kereskedők kiutasítását. Bár ezek az intézkedések komoly veszélyt jelentettek a pápai bevételekre, önmagukban valószínűleg nem kényszerítették volna Boniface-t azokra a messzemenő engedményekre, amelyeket egy éven belül meg kellett adnia a francia királynak, olyan engedményekre, amelyek majdnem a Clericis laicos visszavonását jelentették. A megbékélés szükségessége elsősorban a Bonifác elleni felkelés eredménye volt Colonna család, egy hatalmas pápaellenes római család, amelybe két bíboros is beletartozott, amelynek csúcspontja nagy mennyiségű pápai kincs fegyveres rablása volt 1297 májusában. A Colonna elleni katonai akció egy éve következett, amely feltétel nélküli átadással zárult. Felmentették őket a kiközösítés alól, de nem helyezték vissza hivatalukba és vagyonukba. Ezért újra fellázadtak és elmenekültek; néhányan Philiphez mentek, akivel talán még a Clericis laicos kiadása előtt összeesküdtek.
1302 novemberében Bonifác még alapvetőbb nyilatkozatot adott ki a pápaság keresztény világban betöltött helyzetéről, a bull Unam sanctam (“egy Szent”), amely a középkor összes pápai dokumentuma közül a legszélesebb körben ismertté vált a pápai hivatal tartalmának állítólag radikális és szélsőséges megfogalmazása miatt. A bika egésze valóban erős, de nem újszerű felhívás a szellemi felsőbbrendűségének az időbeli hatalom felett. Mindazonáltal a régi Gelasian doktrína, hogy mindkét hatalom különbözik egymástól, és mindkettő Istentől van, egyértelműen kijelenthető, és az utolsó dogmatikus mondatban a pápa nem az időbeli hatalomról beszél, hanem az emberi teremtményről, mint a pápai hatalom teljességének tárgyáról, amelynek való alávetettségről azt mondják, hogy szükséges az üdvösséghez.eközben Franciaországban IV. Fülöp tanácsosa, Guillaume de Nogaret elfoglalta Flotte helyét az aktív pápaellenes királyi politika vezetőjeként. Fülöpöt ebben a politikában a pápa más ellenségei támogatták, köztük a legátus, akit Bonifác küldött Franciaországba ezekben a kritikus hónapokban, és aki elárulta mesterét, a francia bíborost Jean Lemoine (Johannes Monachus). Számos indokolatlan vád merült fel Bonifác ellen, kezdve a pápai hivatalba való jogellenes belépéstől az eretnekségig, a király és tanácsadói titkos találkozóján, amelyet a párizsi Louvre-ban tartottak; ezeket a vádakat később a pápa elleni posztumusz per során kellett megvitatni és kidolgozni. Nem sokkal a Louvre-i találkozó után, amelyen Nogaret követelte a pápa elítélését az egyház általános tanácsa által, Nogaret Olaszországba ment, hogy ha lehetséges, lázadást keltsen a pápa ellen.