a sós tó környéke nem lakott, de van némi terelés és szezonális művelés. A sótartalom egyensúlyát a megnövekedett iszapáramlások fenyegetik a Natron vízgyűjtőiben tervezett nagyobb fakitermelés és egy tervezett vízerőmű az Ewaso Ng ‘ Iro-n a határ túloldalán, Kenyában. Bár a fejlesztési tervek között szerepel egy gát építése a tó északi végén az édesvíz visszatartása érdekében, ennek a táptalajnak a hígításának veszélye továbbra is súlyos lehet. Nincs formális védelem.
a Natron-tó új fenyegetése egy szódabikarbóna növény javasolt fejlesztése a partján. Az üzem vizet pumpálna a tóból, és kivonná a nátrium-karbonátot, hogy exportra mosóporrá alakuljon. Az erőmű kísérője több mint 1000 munkavállaló lakhatása lenne, valamint egy széntüzelésű erőmű, amely energiát szolgáltatna az erőmű komplexumának. Ezenkívül lehetőség van arra, hogy a fejlesztők hibrid sós garnélarákot vezessenek be az extrakció hatékonyságának növelése érdekében.
Chris Magin, az RSPB afrikai nemzetközi tisztje szerint “annak az esélye, hogy a kisebb flamingók továbbra is szaporodnak a az ilyen súlyos testi sértés nulla közelében van. Ez a fejlemény a kelet-afrikai kisebb flamingókat kihalással fenyegeti”. A világ kisebb flamingóinak hetvenöt százaléka a Natron-tónál születik. Jelenleg egy több mint ötven kelet-afrikai természetvédelmi és környezetvédelmi intézményből álló csoport világméretű kampányt folytat, hogy megállítsa a mumbai-i Tata Chemicals Ltd és a Tanzániai Nemzeti Fejlesztési Társaság által tervezett szódahamu gyár építését. A Natron-tó konzultatív csoport néven működő csoportot Ken Mwathe, a BirdLife International Afrika Titkárságának természetvédelmi programmenedzsere koordinálja.
a 2008. júniusi közlemény szerint a Tata Chemicals nem folytatja a Natron projektet, és a projekt további felülvizsgálata a jelenleg előkészítés alatt álló Ramsari vizes élőhelyekre vonatkozó terv hatálya alá tartozik.
mivel az egyedülálló biológiai sokféleség, Tanzánia elemzi a tó Natron medencében a Ramsar listája vizes élőhelyek nemzetközi jelentőségű július 4-én 2001. A tó egyben a World Wildlife Fund Kelet-afrikai halophytics ökorégió.