“képes voltam ere láttam Elba”: ez a meglehetősen bombasztikus kijelentés egy palindrom mondat, más szóval pontosan ugyanazt olvassa előre, mint visszafelé. A CRISPR forradalom kezdetét nagyszámú ismételt palindromikus szekvencia felfedezése jellemezte a bakteriális DNS régiójában. Ezekben a szekvenciákban a genetikai kód betűi, a négy alapmolekula, az adenin, a citozin, a timin és a guanin úgy vannak rendezve, hogy ugyanolyan sorrendben legyenek, mint a második komplementer DNS-szál – ebben az esetben ellentétes irányban olvashatók. Ez az a tulajdonság, amely megadja CRISPR (fürtözött rendszeresen Interspaced rövid Palindromikus ismétlések) nyelvcsavaró nevét.

ellentétben a palindromokkal, mint a ‘civic’ és a ‘tenet’, amelyeknek van jelentése, a palindromoknak a genetikai szótárban nincs értelme, és nem lehet funkcionális fehérjékké lefordítani. Mindazonáltal nem teljesen értelmetlenek. A DNS-vágó fehérjék gyakran használják palindrom szekvenciák felismerési szekvenciákként, amelyeknél levágják a DNS-molekulát. Ezek a szekvenciák négy, hat vagy nyolc bázispár hosszúak lehetnek, bár egyes vágófehérjékhez 20 vagy több bázispárra van szükség.

a CRISPR régió palindromikus szekvenciáiból az RNS-molekulák átíródnak, amelyek nagyon stabil elrendezést (másodlagos szerkezetet) fogadnak el. Ezek hossza 23-47 bázispár között mozog. Hasonló hosszúságú változó régiók találhatók ezek között a szekvenciák között. A baktériumsejtbe behatoló idegen DNS genomjából származnak, és távtartó DNS-nek is nevezik őket.

a CRISPR régió tartalmaz egy promoter-t, amely biztosítja, hogy a CRISPR régió olvasható és lefordítható CRISPR-RNS-re (crRNS). Más, CRISPR-asszociált gének (Cas) néven ismert gének mellette helyezkednek el. Ezek a gének biztosítják a CAS fehérjék tervét-nevezetesen azokat az enzimeket, amelyek elvágják a DNS-szálat. A CRISPR és a spacer szekvenciákat egy tracrrns néven ismert RNS molekula régiója követi, amely a vágómolekulákat és a crRNS-t a vírus DNS-en lévő célhelyükre irányítja.