játékos karrierje után Renteria a baseballban maradt. Első kisebb bajnoki vezetői munkája 1998-ban volt a Brevard megyei Lamantinoknál a Marlins szervezetben. 2001-ig folytatta a Marlins rendszer irányítását. 2003-ban az Elsinore-tó Storm ütőedzőjének nevezték ki a Padres szervezetben, 2004-ben pedig a Storm menedzsere lett. A Storm három szezonja után 2007-ben felkerült a Triple-A Portland Beavers-Be. 2008-ban előléptették egy fő bajnoki edzői állásba.

Renteria 2011-ben a Padres pad edzője lett. A Mexikói baseball-válogatottat is irányította a 2013-as World Baseball Classic. November 7-én, 2013, Renteria vették fel, mint a menedzser a Chicago Cubs. Egy szezon után a munka, ő megszűnt október 31, 2014, egy héttel azután, hogy a kölykök utódja Joe Maddon választotta ki a szerződést a Tampa Bay Rays.

a 2016-os szezonra Renteriát a Chicago White Sox hogy kispados edzőként szolgáljon.

a 2017-es szezonban Renteria váltotta a White Sox menedzserét Robin Ventura. Renteria után a Chicago baseball történetének második menedzsere volt Johnny Evers, hogy kezelje a város mindkét franchise-ját. 2017-ben hétszer bocsátották ki, többet, mint a főbb ligák bármely más menedzsere. 2020-ban 2008 óta először vitte a White Sox-ot a rájátszásba. Elvesztették a Wild Card sorozat 3 meccsen a Oakland Atlétika. Október 12-én a White Sox bejelentette, hogy Renteria nem tér vissza menedzserként, így a csapatnál töltött hivatali idejét egy év hátralévő szerződésével fejezte be. A Sox négy szezonjában elért összesített rekordja 236-309 volt.