El área alrededor del lago salado no está habitada, pero hay algo de pastoreo y algo de cultivo estacional. Las amenazas al equilibrio de salinidad por el aumento de los flujos de sedimentación provendrán de una mayor tala proyectada en las cuencas hidrográficas de Natrón y una planta hidroeléctrica planificada en el Ewaso Ng’iro, al otro lado de la frontera en Kenia. Aunque los planes de desarrollo incluyen la construcción de un dique en el extremo norte del lago para contener el agua dulce, la amenaza de dilución en este caldo de cultivo aún puede ser grave. No hay protección formal.
Una nueva amenaza para el lago Natron es el desarrollo propuesto de una planta de ceniza de sosa en sus orillas. La planta bombearía agua del lago y extraería el carbonato de sodio para convertirlo en detergente para la exportación. Acompañando a la planta habría viviendas para más de 1000 trabajadores, y una central eléctrica de carbón para proporcionar energía al complejo de la planta. Además, existe la posibilidad de que los desarrolladores introduzcan un camarón en salmuera híbrido para aumentar la eficiencia de la extracción.
De acuerdo con Chris Magin, oficial internacional de la RSPB para África, «La posibilidad de que los flamencos menores continúen reproduciéndose tal caos es casi cero. Este desarrollo dejará a los flamencos menores en África oriental en peligro de extinción». El setenta y cinco por ciento de los flamencos menores del mundo nacen en el lago Natron. Actualmente, un grupo de más de cincuenta instituciones de conservación y medio ambiente de África Oriental están llevando a cabo una campaña mundial para detener la construcción planificada de la fábrica de ceniza de sosa por Tata Chemicals Ltd de Mumbai, India y la Corporación Nacional de Desarrollo de Tanzania. El grupo que trabaja bajo el nombre de Lake Natron Consultative Group está siendo coordinado por Ken Mwathe, Gerente de Programas de Conservación de la Secretaría de África de BirdLife International.
Según la comunicación de junio de 2008, Tata Chemicals no continuará con el Proyecto Natrón y el nuevo examen de este proyecto estará sujeto al plan de Humedales de Ramsar, que se está preparando actualmente.
Debido a su diversidad biológica única, Tanzanía incluyó la Cuenca del Lago Natrón en la Lista Ramsar de Humedales de Importancia Internacional el 4 de julio de 2001. El lago es también la ecorregión halofítica de África Oriental del Fondo Mundial para la Naturaleza.