La Orden Cisterciense tiene su origen histórico en Cîteaux, un monasterio francés fundado en 1098 por un grupo de monjes bajo el liderazgo de San Roberto de Molesme. Habiendo dejado atrás la Abadía de Molesme para fundar un nuevo monasterio, la comunidad partió con la intención de vivir una vida fiel a la sencillez de la Regla de San Benito. Inspirados por el fuerte espíritu de reforma eclesial y monástica de la época, querían dejar de lado algunos de los desarrollos en la vida monástica asociados con la distinguida e influyente Abadía Benedictina de Cluny. Concretamente, San Roberto y sus monjes abrazaron un conjunto de ideales populares entre los reformadores monásticos contemporáneos: entre ellos, el deseo de un equilibrio eficaz entre la oración y el trabajo serio, el énfasis en la pobreza evangélica y el desapego de los asuntos mundanos, y un estilo de vida comunitaria inspirado en los apóstoles y los primeros cristianos (cf. Hechos 2:42-47; 4: 32-35). Esencialmente, deseaban buscar formas nuevas y auténticas de vivir sus vidas como monjes en respuesta a la llamada de Dios, un programa de discernimiento que incluía tanto la fidelidad a una tradición monástica más amplia y antigua como una atención sincera a la vida y los tiempos en que vivían.

El fervor y la inspiración de los primeros monjes de Cîteaux pronto se pusieron a prueba. De las fuentes disponibles, parece que surgió cierta tensión a causa de la relación un tanto ambigua entre el nuevo monasterio y la casa benedictina que los monjes habían dejado. Con el fin de preservar la paz, después de solo un corto tiempo, San Roberto tuvo que dejar Cîteaux y regresar a Molesme para reanudar sus funciones allí como abad. Por esta razón, en la iconografía cisterciense a menudo se le representa como un monje benedictino con un hábito negro, en lugar del tradicional hábito blanco y negro de la Orden Cisterciense. Algunos monjes decidieron regresar con San Roberto, mientras que los restantes profesaron su estabilidad a Cîteaux, sellando así su compromiso con la nueva reforma. Como abad de Cîteaux, San Roberto fue sucedido primero por San Alberico y luego por San Esteban Harding; juntos, estos tres hombres se celebran como los Fundadores de la Orden Cisterciense con una fiesta solemne el 26 de enero.

Bajo la guía de San Alberico, la pequeña comunidad creció, construyó su primera iglesia y comenzó a establecer los detalles prácticos de su estilo de vida. Durante el mandato de San Esteban, el nuevo monasterio comenzó a crecer a un ritmo notable, con las primeras cuatro fundaciones (comúnmente conocidas como «casas de hijas») que llegaron en rápida sucesión: La Ferté (1113), Pontigny (1114), Clairvaux (1115) y Morimond (1115). La renovación de la vida monástica inaugurada en Cîteaux pronto se expandió en una red cada vez mayor de monasterios estrechamente relacionados pero independientes en toda la Europa medieval. El deseo de preservar un fuerte sentido de unidad y solidaridad entre las comunidades en expansión llevó a los primeros cistercienses a crear una carta de comunicación fraterna que mantendría unidos a los monasterios, una que pronto emergió como un hito en la historia del gobierno federado. Los mandatos clave de la primera constitución, titulada Carta Caritatis («Carta de la Caridad»), requerían que cada abad cisterciense hiciera una inspección anual o «visita» a sus casas hijas, así como que se reuniera anualmente con sus hermanos abades en Cîteaux para un «capítulo general» dedicado al gobierno y la promoción de lo que esencialmente se había convertido en la primera «orden religiosa» en la Iglesia. Este sistema de gobierno se consideraba una forma prometedora de armonizar las funciones de la autoridad central y local, preservando un fuerte sentido de unidad y, al mismo tiempo, fomentando una sana independencia en cada uno de sus monasterios. El sistema se hizo tan popular que el IV Concilio de Letrán (1215), señalando a los cistercienses como modelo, impuso el gobierno por capítulo general a todas las instituciones religiosas de la época que aún no lo habían adoptado.