Depois de sua carreira de Jogador, Renteria permaneceu no beisebol. Seu primeiro trabalho de gerência na minor league foi em 1998 com o Brevard County Manatees na organização Marlins. Ele continuou a gerir o sistema Marlins até 2001. Em 2003, ele foi nomeado o treinador de rebatidas para a tempestade do lago Elsinore na organização Padres, e em 2004 ele se tornou o Gerente da tempestade. Depois de três temporadas com a tempestade, em 2007 ele foi transferido para o Portland Beavers. Ele foi promovido a um trabalho de treinador da major league em 2008.

Renteria mudou-se para ser o Padre bench coach para 2011. Ele também gerenciou a Seleção Mexicana de beisebol no Clássico Mundial de beisebol de 2013. Em 7 de novembro de 2013, Renteria foi contratado como o gerente do Chicago Cubs. Depois de uma temporada no trabalho, ele foi demitido em 31 de outubro de 2014, uma semana depois que seu sucessor dos Cubs, Joe Maddon, optou por sair de seu contrato com os Tampa Bay Rays.

para a temporada de 2016, Renteria foi contratado pelo Chicago White Sox para servir como treinador de banco.

para a temporada de 2017, Renteria substituiu o gerente do White Sox, Robin Ventura. Renteria foi o segundo gerente na história do beisebol de Chicago, depois de Johnny Evers, a gerenciar as franquias da cidade. Em 2017, ele foi expulso sete vezes, mais do que qualquer outro treinador nas principais ligas. Em 2020, ele levou os White Sox para os playoffs pela primeira vez desde 2008. Eles perderam na Wild Card Series em 3 jogos para o Oakland Athletics. Em 12 de outubro, O White Sox anunciou que Renteria não voltaria como gerente, terminando seu mandato com a equipe com um ano restante em seu contrato. Seu recorde geral em quatro temporadas com o Sox foi 236-309.