Después de su carrera como jugador, Renteria se ha mantenido en el béisbol. Su primer trabajo como gerente de ligas menores fue en 1998 con los Manatíes del Condado de Brevard en la organización de los Marlins. Continuó manejando en el sistema de los Marlins hasta 2001. En 2003, fue nombrado entrenador de bateo para Lake Elsinore Storm en la organización Padres, y en 2004 se convirtió en mánager de The Storm. Después de tres temporadas con The Storm, en 2007 fue trasladado al equipo Triple-A Portland Beavers. Fue ascendido a un trabajo de entrenador de grandes ligas en 2008.

Renteria pasó a ser la entrenadora de bancos de los Padres para el 2011. También dirigió al equipo nacional de béisbol de México en el Clásico Mundial de Béisbol 2013. El 7 de noviembre de 2013, Renteria fue contratada como mánager de los Cachorros de Chicago. Después de una temporada en el trabajo, fue despedido el 31 de octubre de 2014, una semana después de que su sucesor de los Cubs, Joe Maddon, cancelara su contrato con los Rays de Tampa Bay.

Para la temporada 2016, Renteria fue contratada por los Medias Blancas de Chicago para servir como su entrenador de banca.

Para la temporada 2017, Renteria reemplazó al mánager de los Medias Blancas Robin Ventura. Renteria fue el segundo mánager en la historia del béisbol de Chicago, después de Johnny Evers, en administrar ambas franquicias de la ciudad. En 2017 fue expulsado siete veces, más que cualquier otro entrenador en las grandes ligas. En 2020, llevó a los Medias Blancas a los playoffs por primera vez desde 2008. Perdieron en la serie Wild Card en 3 juegos contra los Atléticos de Oakland. El 12 de octubre, los Medias Blancas anunciaron que Renteria no regresaría como entrenador, terminando su mandato con el equipo con un año restante en su contrato. Su récord general en cuatro temporadas con los Sox fue de 236-309.