zona din jurul lacului sărat nu este locuită, dar există unele turme și unele culturi sezoniere. Amenințările la adresa echilibrului de salinitate cauzate de creșterea fluxurilor de siltare vor veni din exploatarea mai proiectată în bazinele hidrografice Natron și o centrală hidroelectrică planificată pe Ewaso ng ‘ Iro peste graniță în Kenya. Deși planurile de dezvoltare includ construirea unui dig la capătul nordic al lacului pentru a conține apa dulce, amenințarea de diluare a acestui teren de reproducere poate fi încă gravă. Nu există protecție formală.
o nouă amenințare pentru Lacul Natron este dezvoltarea propusă a unei plante de cenușă de sodă pe țărmurile sale. Fabrica ar pompa apa din lac și ar extrage carbonatul de sodiu pentru a se transforma în pulbere de spălat pentru export. Uzina va fi însoțită de locuințe pentru peste 1000 de muncitori și de o centrală electrică pe cărbune pentru a furniza energie pentru complexul centralei. În plus, există o posibilitate dezvoltatorii pot introduce un creveți saramură hibrid pentru a crește eficiența extracției.
potrivit lui Chris Magin, ofițerul internațional al RSPB pentru Africa, „șansa ca flamingo-urile mai mici să continue să se reproducă în fața astfel de haos sunt aproape de zero. Această dezvoltare va lăsa flamingo-urile mai mici din Africa de Est să se confrunte cu dispariția”. Șaptezeci și cinci la sută din flamingo-urile mai mici din lume se nasc pe Lacul Natron. În prezent, un grup de peste cincizeci de instituții de conservare și mediu din Africa de Est desfășoară o campanie la nivel mondial pentru a opri construcția planificată a fabricii de cenușă de sodă de către Tata Chemicals Ltd din Mumbai, India și National Development Corporation din Tanzania. Grupul care lucrează sub numele umbrela Lake Natron Consultative Group este coordonat de Ken Mwathe, Manager de program de conservare la secretariatul Africa al BirdLife International.
conform comunicării din iunie 2008, Tata Chemicals nu va continua proiectul Natron, iar reexaminarea ulterioară a acestui proiect va face obiectul planului Ramsar privind Zonele umede, care este în prezent în curs de pregătire.datorită biodiversității sale unice, Tanzania a numit bazinul lacului Natron pe lista Ramsar a zonelor umede de importanță internațională la 4 iulie 2001. Lacul este, de asemenea, Fondul Mondial pentru animale sălbatice ecoregiunea halophytics din Africa de Est.