„Able was I here I saw Elba”: această afirmație destul de bombastică este o propoziție palindrom, cu alte cuvinte citește exact aceleași înainte ca și înapoi. Începutul revoluției CRISPR a fost marcat de descoperirea unui număr mare de secvențe palindromice repetate într-o regiune a ADN-ului bacterian. În aceste secvențe, literele codului genetic, cele patru molecule de bază adenină, citozină, timină și guanină, sunt ordonate astfel încât să aibă aceeași ordine ca a doua catenă ADN complementară-în acest caz citită în direcția opusă. Aceasta este proprietatea care dă CRISPR (grupate în mod regulat Interspaced scurt palindromic repetă) numele său de răsucire a limbii.spre deosebire de palindromurile de cuvinte precum ‘civic’ și ‘tenet’, care au un sens, palindromurile din Dicționarul de genetică nu au sens și nu pot fi traduse în proteine funcționale. Cu toate acestea, ele nu sunt în întregime lipsite de sens. Proteinele de tăiere a ADN folosesc frecvent secvențe de palindrom ca secvențe de recunoaștere, la care taie molecula de ADN. Aceste secvențe pot avea patru, șase sau opt perechi de baze lungi, deși unele proteine de tăiere necesită 20 sau mai multe perechi de baze.
din secvențele palindromice ale regiunii CRISPR sunt transcrise molecule de ARN, care adoptă un aranjament foarte stabil (structură secundară). Acestea variază între 23 și 47 de perechi de baze în lungime. Regiuni variabile de lungime similară pot fi găsite între aceste secvențe. Acestea provin din genomul ADN-ului străin care a pătruns în celula bacteriană și sunt, de asemenea, cunoscute sub numele de ADN distanțier.
Regiunea CRISPR include un promotor care asigură că regiunea CRISPR poate fi citită și tradusă în ARN-ul CRISPR (crRNA). Alte gene cunoscute sub numele de gene asociate CRISPR (Cas) sunt situate adiacente acesteia. Aceste gene oferă modelul pentru proteinele Cas – și anume, enzimele care taie catena ADN. Secvențele CRISPR și spacer sunt urmate de o regiune pentru o moleculă de ARN cunoscută sub numele de tracrRNA, care ghidează moleculele de tăiere și crRNA către locațiile lor țintă de pe ADN-ul virusului.