După cariera sa de jucător, Renteria a rămas în baseball. Primul său loc de muncă managerial din liga minoră a fost în 1998 cu lamantini din județul Brevard în Organizația Marlins. A continuat să gestioneze în sistemul Marlins până în 2001. În 2003, a fost numit antrenor de lovitură pentru Lake Elsinore Storm în Organizația Padres, iar în 2004 a devenit managerul furtunii. După trei sezoane cu furtuna, în 2007 a fost mutat la Triple-A Portland Beavers. A fost promovat la un post de antrenor în liga majoră în 2008.

Renteria s-a mutat la antrenorul de bancă Padres pentru 2011. De asemenea, a condus echipa națională de baseball din Mexic în 2013 World Baseball Classic. Pe 7 noiembrie 2013, Renteria a fost angajată ca manager al Chicago Cubs. După un sezon la locul de muncă, a fost reziliat pe 31 octombrie 2014, la o săptămână după ce succesorul său Cubs Joe Maddon a renunțat la contractul său cu Tampa Bay Rays.

pentru sezonul 2016, Renteria a fost angajată de Chicago White Sox pentru a servi ca antrenor de bancă.

pentru sezonul 2017, Renteria l-a înlocuit pe managerul White Sox Robin Ventura. Renteria a fost al doilea manager din istoria baseballului din Chicago, după Johnny Evers, care a gestionat ambele francize ale orașului. În 2017 a fost eliminat de șapte ori, mai mult decât orice alt manager din ligile majore. În 2020, i-a dus pe White Sox în playoff pentru prima dată din 2008. Au pierdut în seria Wild Card în 3 jocuri în fața Oakland Athletics. Pe 12 octombrie, White Sox a anunțat că Renteria nu se va întoarce ca manager, încheindu-și mandatul cu echipa cu un an rămas din contract. Recordul său general în patru sezoane cu Sox a fost de 236-309.