La Home Rule League y la Land League
La Irlanda a la que Parnell regresó estaba en fermento. Las medidas opresivas del gobierno contra la Hermandad Republicana Revolucionaria irlandesa (los Fenianos) despertaron intensos sentimientos nacionales incluso entre los irlandeses moderados. En 1870 se creó un nuevo grupo político, la Liga de Autonomía, para presionar por la autonomía irlandesa en el gobierno local. En 1874 devolvió a 56 candidatos al Parlamento, donde formaron un partido bajo el liderazgo nominal de Isaac Butt. Aunque socialmente conservador y deferente a las opiniones de la jerarquía católica romana, todos apelaban en cierto grado a los sentimientos nacionales del electorado. Parnell, un candidato a la Autonomía eminentemente adecuado, fue elegido al Parlamento por Meath en abril de 1875. En dos años se distinguió por su indiferencia a la opinión de la Cámara de los Comunes y su sensibilidad a la opinión nacionalista irlandesa. Adoptó la política de obstruir la legislación inglesa para llamar la atención sobre las necesidades de Irlanda, y su hermosa presencia y personalidad dominante le dieron un poderoso atractivo. En septiembre de 1877, la Confederación de Autonomía de Gran Bretaña eligió a Parnell como su presidente. Se había convertido, a los 31 años, en la figura más destacada de la política irlandesa.
En 1878, una crisis agrícola en Irlanda parecía amenazar con una repetición de la terrible hambruna y los desalojos masivos de agricultores arrendatarios de la década de 1840. Para resistir el desalojo y hacer inviable el latifundismo irlandés, la Irish Land League fue fundada en 1879 por un feniano, Michael Davitt. Muchos moderados condenaron a la liga, pero Parnell se identificó con ella y se convirtió en su primer presidente, convirtiéndose así en el centro del gran movimiento nacional de «nueva partida» en el que la devoción revolucionaria se combinó con la agitación agraria y fue apoyada por las tácticas obstruccionistas de la «sección activa» en el Parlamento. Poco después de las elecciones generales de 1880, Parnell fue elegido presidente del grupo de Autonomía en el nuevo Parlamento. Después del rechazo por la Cámara de los Lores de una medida moderada para la reforma agraria irlandesa, Parnell organizó una agitación masiva por la tierra, para la que luego ganó el apoyo del clero y de la opinión «moderada». Se combinó con una obstrucción parlamentaria a una escala tan grande que finalmente 36 diputados irlandeses fueron suspendidos. En este momento, Parnell rechazó una política de secesión del Parlamento, propuesta por la Land League.
La aprobación en 1881 de la Ley de Tierras de William Gladstone, que concedía el principio de que los alquileres justos podían determinarse judicialmente, presentó a Parnell una prueba seria de habilidad política. Su aprobación fue, sin duda, un gran logro para la Liga de Tierras, pero los Jugadores más activos de la Liga de Tierras no estaban contentos, y parecía probable una división en el movimiento. Este Parnell evitó seguir una política moderada en materia de sustancias, probando la ley presentando casos seleccionados ante la comisión de tierras, pero pronunciando discursos en lenguaje violento. Como resultado, probablemente de acuerdo con su deseo, estaba en Oct. 13, 1881, alojado en la cárcel de Kilmainham, Dublín. Esto aseguró su continua popularidad y lo absolvió de responsabilidad por eventos posteriores.
El arresto de Parnell fue seguido por la supresión de la Land League y un invierno de terror local esporádico. Quedó claro para el gobierno que solo Parnell podía restaurar el orden. En la primavera de 1882, Parnell comenzó las negociaciones para su liberación, conducidas principalmente a través del Cap. William O’Shea, un miembro» moderado » del Gobierno autónomo, cuya esposa había sido la amante de Parnell desde 1880. Se llegó a un acuerdo, el llamado Tratado de Kilmainham, por el que los inquilinos debían obtener concesiones sustanciales y Parnell debía usar toda su influencia para disminuir la agitación.
Los asesinatos del secretario en jefe y del subsecretario permanente por extremistas fenianos en Phoenix Park, Dublín, que ocurrieron pocos días después de la liberación de Parnell (2 de mayo de 1882), causaron una repulsión general contra el terrorismo, y Parnell tuvo pocas dificultades para llevar al movimiento nacionalista de nuevo bajo una firme disciplina, subordinando la Liga Nacional Irlandesa (sucesora de la Land League) al Partido de Autonomía en el Parlamento.