Jusqu’au 20ème siècle, les travaux d’Irénée et d’autres hérésiologues (écrivains chrétiens orthodoxes qui décrivaient des groupes peu orthodoxes) étaient les principales sources d’informations sur les mouvements gnostiques. Seule une poignée de manuscrits contenant les écrits authentiques de ces groupes étaient connus; ils existaient principalement dans deux ensembles de textes coptes, le Codex Askew et le Codex Bruce, qui ont été découverts en Égypte au 18ème siècle mais qui n’ont pas été publiés avant le 19ème siècle. Un troisième texte copte important, connu sous le nom de Codex de Berlin 8502, a été annoncé en 1896 mais n’a pas été publié avant le milieu du XXe siècle. En 1945, 12 codex supplémentaires et parties d’un 13ème codex, datant probablement du 4ème siècle, ont été découverts près de la ville de Nag Hammadi (aujourd’hui Najʿ Ḥammādī) en Égypte. La collection Nag Hammadi contient des traductions coptes de plus de quatre douzaines d’écrits dont le type et le contenu sont divers, y compris des « paroles secrètes” de Jésus, des œuvres non chrétiennes appartenant à la tradition hermétique égyptienne, des traités théologiques et de longues histoires mythologiques. Beaucoup d’œuvres contiennent également des doctrines ou des mythes qui ont été condamnés par Irénée et d’autres hérésiologues.

Parmi les écrits de Nag Hammadi se trouvent trois copies distinctes de l’Apocryphe de Jean, un mythe gnostique particulièrement important ; une quatrième copie est incluse dans le Codex de Berlin 8502. Correspondant étroitement au mythe qu’Irénée attribue à la secte appelée gnostikê, l’Apocryphe prétend être une révélation secrète de Jésus reçue dans une vision de l’apôtre Jean. Il transmet la vraie nature du royaume divin et sa relation au cosmos matériel et à l’humanité. Alors que le dieu transcendant ou l’esprit invisible est inconcevable et ineffable, le pléroma (grec: « pleine perfection”) du divin est une famille hiérarchique d’éons personnifiés, qui émergent comme le fruit de la contemplation de soi ou de l’expression de soi de l’esprit. Par exemple, comme dans le mythe décrit par Irénée, Barbelo apparaît comme la première pensée du dieu transcendant, et elle est bientôt accompagnée de la Prescience, de l’Incorruptibilité, de la Vie Éternelle et d’autres. Le royaume matériel imparfait est compris comme une copie du royaume spirituel parfait, une idée en partie dérivée de la doctrine platonicienne des idées ou des formes. Le mythe s’inspire également du thème biblique de l’humanité telle qu’elle est formée à l’image de Dieu (Genèse 1:26-27) ; l’humanité vraie ou divine, cependant, est cette famille spirituelle créée dans le domaine de la perfection en tant qu’image de l’esprit. Ce royaume est la demeure de l’Adamas spirituel, de son fils Seth et de la race ou de la progéniture de Seth.

Le créateur du royaume visible et de l’Adam terrestre et de l’ Eve du Jardin biblique d’Éden est un être moindre, un souverain (archon) nommé Ialdabaoth, qui est une caricature sombre du Dieu créateur de la Genèse et du démiurge du Platonisme. La sagesse, l’entité la plus basse du royaume de la perfection, crée Ialdabaoth dans une tentative non autorisée de produire une ressemblance d’elle-même. Ialdabaoth crée à son tour le cosmos matériel et le gouverne avec des pouvoirs subordonnés qui sont sa propre progéniture imparfaite. Figure volontaire et malveillante, Ialdabaoth ignore tout pouvoir au-dessus de lui et est facilement dupé par la providence dans des actions qui servent des fins divines ou sont contrecarrées par des contre-mesures du royaume divin. Il ne se rend pas compte que son cosmos est modelé sur un royaume plus transcendant, et il se vante par ignorance qu’il n’y a pas de dieu au-dessus de lui.

Lorsque, en réponse à cette déclaration, l’image de l’humanité divine d’en haut est révélée sur les eaux d’en bas — une allusion à Genèse 1:2 (« la terre était un vide sans forme et les ténèbres couvraient la face des profondeurs, tandis qu’un vent de Dieu balayait la face des eaux”) — Ialdabaoth et son les dirigeants façonnent un Adam à sa ressemblance. La sagesse incite alors Ialdabaoth à insuffler la vie à la figure, un acte qui le vide du pouvoir qu’il avait reçu de la Sagesse et le transfère à Adam. Le pouvoir spirituel maintenant en Adam est dépeint comme une entité féminine qui lui fournit une perspicacité qui le rend désobéissant à Ialdabaoth. Ce dernier tente alors de priver Adam de son pouvoir en l’endormant, en extrayant le pouvoir de la côte d’Adam et en le moulant en forme de femme. Mais le plan d’Ialdabaoth échoue, car, dans cette révision du mythe biblique (Genèse 2:21-23), quand Adam se réveille et voit la femme, eve, il éprouve une perspicacité encore plus profonde, un réveil de « l’ivresse des ténèbres. »Furieux, Ialdabaoth chasse le couple du paradis, introduit le désir sexuel, séduit Eve et engendre d’elle Caïn et Abel. Parce que leur père est un archonte oppressant plutôt qu’un humain, cependant, Caïn et Abel sont les mêmes. En tant qu’archontes, ils règnent sur les éléments matériels (feu, vent, terre et eau) et donc aussi sur les corps matériels des futurs êtres humains. Cependant, Adam engendre son fils Seth à l’image du divin Seth, fils d’Adamas, le prototype de l’humanité idéale. La race humaine est donc spirituellement la semence de Seth, bien que l’incarnation corporelle à la naissance implique un oubli de cette origine divine. La réalisation de son ascendance spirituelle doit être réveillée par la révélation.

Le thème provient de la philosophie platonicienne, illustrée dans le mythe d’Er dans la République de Platon, dans lequel un guerrier tué nommé Er est brièvement ressuscité sur son bûcher funéraire et raconte ce qu’il a vu du sort des âmes après la mort. Le long récit comprend une description de la réincarnation et de la nécessité pour chaque âme de boire du fleuve de l’Oubli avant d’entrer dans un autre corps. Selon l’Apocryphon, jusqu’à ce qu’une âme soit sauvée en recevant la révélation de sa véritable identité, elle continue à expérimenter d’autres réincarnations. Si les âmes rejettent sciemment la révélation, elles subiront la damnation éternelle.

Plusieurs textes de Nag Hammadi contiennent des mythes similaires à ceux de l’Apocryphe de Jean. La tradition a parfois été qualifiée de ”Séthienne » en raison du rôle prépondérant de la figure de Seth dans plusieurs de ces œuvres. Les origines de la mythologie séthienne restent incertaines, mais elle est peut-être apparue avant la naissance du christianisme ou en dehors du christianisme dans les cercles juifs hétérodoxes. Il aurait alors pu être adapté par des écrivains chrétiens qui ont identifié Jésus à la figure révélatrice originale du mythe. En tout état de cause, il existe une grande diversité parmi les sources dites séthiennes, et elles sont probablement mieux considérées comme les produits de différentes étapes d’une série complexe d’innovations religieuses.