La zone autour du lac salé n’est pas habitée, mais il y a un peu d’élevage et une culture saisonnière. Les menaces pesant sur le bilan salinique résultant de l’augmentation des flux d’envasement proviendront d’une exploitation forestière plus importante prévue dans les bassins versants de Natron et d’une centrale hydroélectrique prévue sur l’Ewaso Ng’iro de l’autre côté de la frontière au Kenya. Bien que les plans de développement prévoient la construction d’une digue à l’extrémité nord du lac pour contenir l’eau douce, la menace de dilution pour ce lieu de reproduction peut encore être sérieuse. Il n’y a pas de protection formelle.
Une nouvelle menace pour le lac Natron est le projet de développement d’une usine de carbonate de sodium sur ses rives. L’usine pomperait l’eau du lac et extrairait le carbonate de sodium pour le convertir en poudre à laver pour l’exportation. L’usine accueillerait plus de 1000 travailleurs et une centrale au charbon pour fournir de l’énergie au complexe de la centrale. De plus, il est possible que les développeurs introduisent une crevette de saumure hybride pour augmenter l’efficacité de l’extraction.
Selon Chris Magin, responsable international de la RSPB pour l’Afrique, « Les chances que les flamants roses mineurs continuent de se reproduire face à la menace de la un tel chaos est proche de zéro. Ce développement laissera les flamants roses mineurs en Afrique de l’Est menacés d’extinction « . Soixante-quinze pour cent des petits flamants roses du monde naissent sur le lac Natron. Actuellement, un groupe de plus de cinquante institutions de conservation et d’environnement d’Afrique de l’Est mène une campagne mondiale pour arrêter la construction prévue de l’usine de carbonate de sodium par Tata Chemicals Ltd de Mumbai, en Inde, et la Société nationale de développement de Tanzanie. Le groupe qui travaille sous le nom de Groupe consultatif du Lac Natron est coordonné par Ken Mwathe, Responsable du Programme de conservation au Secrétariat afrique de BirdLife International.
Conformément à la communication de juin 2008, Tata Chemicals ne poursuivra pas le Projet Natron et un nouvel examen de ce projet sera soumis au plan Ramsar pour les zones humides, qui est actuellement en préparation.
En raison de sa biodiversité unique, la Tanzanie a inscrit le Bassin du Lac Natron sur la Liste Ramsar des Zones Humides d’importance Internationale le 4 juillet 2001. Le lac est également l’écorégion halophytique Est-africaine du Fonds mondial pour la nature.