La constitution de l’an III, que la Convention nationale avait approuvée, plaçait le pouvoir exécutif dans un Directoire de cinq membres et le pouvoir législatif dans deux chambres, le Conseil des Anciens et le Conseil des Cinq-Cents (ensemble appelé Corps Législatif). Ce régime, une république bourgeoise, aurait pu atteindre la stabilité si la guerre n’avait pas perpétué la lutte entre révolutionnaires et contre-révolutionnaires dans toute l’Europe. La guerre, en outre, a aigri les antagonismes existants entre le Directoire et les conseils législatifs en France et en a souvent donné lieu à de nouveaux. Ces différends furent réglés par des coups d’État, principalement ceux du 18 Fructidor, an V (4 septembre 1797), qui éloignèrent les royalistes du Directoire et des conseils, et du 18 Brumaire, an VIII (9 novembre 1799), par lesquels Bonaparte supprima le Directoire et devint le chef de la France en tant que  » premier consul « . »

Après la victoire de Fleurus, la progression des armées françaises en Europe s’était poursuivie. La Rhénanie et la Hollande sont occupées et, en 1795, la Hollande, la Toscane, la Prusse et l’Espagne négocient la paix. Lorsque l’armée française commandée par Bonaparte entre en Italie (1796), la Sardaigne se réconcilie rapidement. L’Autriche fut la dernière à céder (traité de Campo Formio, 1797). La plupart des pays occupés par les Français étaient organisés en « républiques sœurs”, avec des institutions calquées sur celles de la France révolutionnaire.

La paix sur le continent européen n’a cependant pas mis fin à l’expansion révolutionnaire. La majorité des directeurs avait hérité du désir girondin de répandre la Révolution sur l’Europe et écouté les appels des Jacobins à l’étranger. Ainsi, en 1798 et 1799, les troupes françaises entrèrent en Suisse, dans les États pontificaux et à Naples et établirent les républiques helvétique, romaine et parthénopéenne. La Grande-Bretagne, cependant, est restée en guerre avec la France. Incapable d’effectuer un débarquement en Angleterre, le Directoire, à la demande de Bonaparte, décida de menacer les Britanniques en Inde en occupant l’Égypte. Un corps expéditionnaire commandé par Bonaparte occupa facilement Malte et l’Égypte, mais l’escadre qui l’avait convoyée fut détruite par la flotte d’Horatio Nelson à la bataille du Nil le 14 Thermidor an VI (1er août 1798). Ce désastre encouragea la formation d’une Deuxième Coalition de puissances alarmées par les progrès de la Révolution. Cette coalition de l’Autriche, de la Russie, de la Turquie et de la Grande-Bretagne remporta de grands succès au printemps et à l’été 1799 et repoussa les armées françaises aux frontières. Bonaparte revint alors en France pour exploiter son grand prestige et le discrédit dans lequel les revers militaires avaient amené le gouvernement. Son coup d’État du 18 Brumaire renverse le Directoire et remplace le consulat. Bien que Bonaparte ait proclamé la fin de la Révolution, il devait lui-même la diffuser sous de nouvelles formes dans toute l’Europe.