à la fin des années 1800.

(c) Pilar RodrÃguez 2019. Tous droits réservés

Il n’y a pas très longtemps, les perroquets sauvages vivaient dans les forêts de New York. Les oiseaux aux couleurs vives crissaient au milieu de la cime des arbres des anciennes forêts riveraines et des marécages de la Floride à New York et jusqu’au Colorado, se rassemblant en groupes de centaines à la fois. Aujourd’hui, les grands troupeaux vociférants ont disparu et le plumage vert vif, rouge et jaune ne peut être vu que dans les musées.

La dernière perruche de Caroline connue est née vers 1883 et est morte au zoo de Cincinnati en 1918, dans la même cage malheureuse où le dernier pigeon voyageur du monde était mort en 1914. Inca, la dernière perruche de Caroline, avait survécu à son compagnon, Lady Jane, d’environ un an – et pour autant que quelqu’un le sache, le couple avait survécu à ses parents sauvages de près d’une décennie. Personne n’avait signalé une observation crédible d’une perruche sauvage de Caroline depuis 1910.

La perruche de Caroline a disparu depuis environ un siècle, et une nouvelle étude génétique attribue carrément la faute aux humains.

Le Dernier Peuplement des Perroquets d’Amérique

Alors que les colons européens et leurs descendants poussaient vers l’ouest dans les années 1700 et 1800, ils ont défriché de nombreuses forêts que la perruche de Caroline avait autrefois appelé chez eux. Ils ont également abattu les oiseaux en masse pour les éloigner des champs de céréales et pour recueillir leurs plumes brillantes pour les chapeaux des dames. La perruche de Caroline a fait une cible facile; l’instinct de flocage ramènerait un grand nombre d’oiseaux sur les lieux d’une nouvelle mise à mort, donnant aux chasseurs un autre coup sur eux.

Au milieu des années 1800, les perruches de Caroline étaient rares en dehors des marais de Floride, et en 1900, elles ne pouvaient être trouvées nulle part ailleurs. Mais même dans leur dernier bastion d’habitat, les perruches de Caroline semblaient se débrouiller plutôt bien, dans les circonstances. Les agriculteurs avaient cessé de les chasser, car ils s’avéraient utiles pour contrôler les cockleburs (la perruche de Caroline était l’un des seuls animaux à pouvoir survivre en mangeant la plante toxique, bien que le glucoside toxique s’accumulât dans la chair des oiseaux et en faisait une proie mortelle. Les chats qui mangeaient des perruches de Caroline mouraient généralement peu de temps après). Et les naturalistes ont décrit de grands troupeaux, avec beaucoup de jeunes oiseaux et un bon accès aux sites de nidification.

Et puis, brusquement, la perruche de Caroline a tout simplement disparu. Un siècle plus tard, les écologistes ne comprennent toujours pas ce qui s’est passé. Peut-être, disent certains, que l’espèce ne se portait pas aussi bien qu’elle ne le semblait de l’extérieur; le déclin de la population et la perte d’habitat auraient pu les laisser avec un pool génétique limité, voué à disparaître avant trop longtemps. Mais peut-être, soutiennent d’autres, la perruche de Caroline aurait été très bien si elle n’avait pas été exposée, dans leur dernier refuge, à des maladies mortelles de la volaille comme la maladie de Newcastle des fermes voisines.

« Si cela est vrai, le fait même que la perruche de Caroline ait finalement été tolérée pour errer à proximité des établissements humains a prouvé son échec”, a écrit la Société Audobon il y a quelques années. Il n’y a aucune preuve réelle à l’appui de l’hypothèse de la maladie de la volaille: aucun rapport de témoins oculaires de perroquets malades présentant des symptômes de quelque chose comme la maladie de Newcastle, et pas d’arme à feu fumante sous la forme d’échantillons d’agents pathogènes provenant d’un cadavre de perroquet conservé. Mais une nouvelle étude, publiée dans la revue Current Biology, a séquencé le génome de la perruche de Caroline pour la première fois et a cherché des signes de consanguinité ou de déclin de la population – et n’en a trouvé aucun. Cela signifie que l’espèce n’était pas condamnée bien avant sa disparition, ce qui signifie que quelque chose a dû faire pencher la balance.

Résoudre un cas froid

Le biologiste évolutionniste Carlez Laluzela-Fox et ses collègues ont échantillonné l’ADN nucléaire du tibia (tibia) et des coussinets d’orteil d’une perruche de Caroline, tuée et empaillée à la fin des années 1800 et appartenant maintenant à un collectionneur privé en Espagne. Ils ont utilisé le génome du parent vivant le plus proche de l’espèce éteinte, un perroquet sud-américain appelé perruche du soleil, comme référence pour les aider à cartographier le génome et à comprendre ce que les séquences d’adénine, de thymine, de guanine et de cytosine signifiaient pour la physiologie réelle des oiseaux.

« Le déclin démographique laisse des signaux spécifiques dans les génomes de l’espèce”, a expliqué Laluzela-Fox dans une déclaration à la presse. Si les membres d’une espèce ont passé plusieurs générations à se reproduire avec des parents génétiques proches, ou si la population reproductrice globale était trop petite, les généticiens peuvent repérer les signes dans le génome d’un organisme.

Mais le génome de la perruche de Caroline n’avait aucun de ces signes avant–coureurs – son extinction soudaine n’était donc pas la fin d’un déclin beaucoup plus long. Quelque chose de nouveau s’était produit – et il y a de bonnes chances que ce soit de notre faute. Cela apporte un certain soutien à l’idée de la maladie de la volaille, bien qu’il soit loin de prouver que les poulets malades, et non un autre problème, ont réellement tué les perruches de Caroline.

Pendant ce temps, Laluzela-Fox et ses collègues disent que le même processus qu’ils ont utilisé pour rechercher des signes de déclin de la population dans le génome de la perruche de Caroline pourrait également aider à dépister les espèces vivantes pour détecter les signes avant–coureurs – et peut-être résoudre plus de cas froids d’extinction, aussi.

L’étude génomique a également résolu un autre mystère centenaire: comment la perruche de Caroline vivait-elle sur des cockleburs venimeux, alors que leurs toxines rendaient même la chair de l’oiseau trop toxique pour être mangée? Dans le génome de la perruche de Caroline, Laluzela-Fox et ses collègues ont trouvé deux protéines qui interagissent avec le glucoside toxique dans les cockleburs. Ils suggèrent que ces protéines ont permis à l’oiseau de profiter en toute sécurité de ses friandises toxiques.

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