Le nom gardait cependant un grand prestige et Ayub Khan forma plus tard un nouveau parti, la Ligue musulmane de la Convention. La faction de l’opposition est devenue connue sous le nom de Ligue musulmane du Conseil. Ce dernier groupe a rejoint un front uni avec d’autres partis politiques en 1967 dans l’opposition au régime. Mais lorsque le régime militaire d’Agha Mohammad Yahya Khan est tombé en décembre 1971 et que les premières élections libres véritables du Pakistan ont eu lieu, l’armée n’a pas permis au vainqueur majoritaire de prendre ses fonctions. Le PPP de Bhutto a été balayé du pouvoir: Le Pakistan occidental dominé par le Parti du Peuple pakistanais de Zulfikar Ali Bhutto a perdu massivement et la Ligue Awami du Pakistan oriental a largement remporté le scrutin sous Sheikh Mujibur Rahman. Cependant, une conspiration plus importante n’a pas permis à la Ligue Awami d’être assermentée au pouvoir. La guerre s’ensuivit et le Pakistan oriental devint la République populaire du Bangladesh le 26 mars 1971.
Après 1971 au Pakistan (Ouest), le PPP dirigé par Zulfiqar Ali Bhutto a pris le pouvoir. 1977 Bhutto a été destitué par le général Ziaul Haq par un coup d’État. En 1988, après la mort du dirigeant militaire et plus tard président civil du Pakistan, Muhammad Zia-ul-Haq, une nouvelle Ligue musulmane a été formée sous la direction de Nawaz Sharif, mais elle n’avait aucun lien avec la Ligue musulmane d’origine. Sharif a été Premier ministre de 1990 à 1993 et de nouveau de 1997 à 1999, lorsqu’il a été évincé lors du troisième coup d’État militaire au Pakistan. Lors des élections controversées organisées par le régime militaire de Pervez Musharraf en octobre, cinq partis différents utilisant le nom de Ligue musulmane se sont disputés des sièges. La plus importante d’entre elles, la Ligue musulmane du Pakistan (Quaid-e-Azam), a remporté 69 sièges sur 272, et la Ligue musulmane du Pakistan (Nawaz), fidèle à Nawaz Sharif, a remporté 19 sièges. Après les élections de 2008, la ligue Quaid-e-Azam faisait partie de la coalition au pouvoir et la Ligue musulmane de Nawaz Sharif siégeait dans l’opposition. Lors des récentes élections de 2013, la Ligue musulmane du Pakistan (Nawaz) est devenue le plus grand parti du pays; le parti a formé son gouvernement au centre et Nawaz Sharif a été réélu pour un troisième mandat en tant que Premier ministre du Pakistan.
Les factions actuelles du Parti re fondé
- Ligue Musulmane du Pakistan (N) (Nawaz)
- Ligue Musulmane du Pakistan (Q) (Groupe Quaid-e-Azam)
- Ligue Musulmane du Pakistan (F) (Fonctionnelle)
- Ligue Musulmane du Pakistan (Z) (Zia-ul-Haq Shaheed)
- Ligue Musulmane Awami
- Ligue Musulmane du Pakistan