a Pearl Harbor elleni támadás utáni hetekben Marshall két olyan feladatot bízott Clarkra, amelyek hatással lehetnek az összes Japán Amerikai bebörtönzésére a nyugati parton. Mindkét esetben nagyrészt figyelmen kívül hagyták következtetéseit, amelyek közvetlenül vagy közvetve ellenezték a kizárást. Először, Marshall elküldte Clarkot, hogy látogassa meg a nyugati védelmi parancsnokságot, válaszul parancsnokára, John DeWitt tábornok további csapatok felhívására szólít fel a Nyugati Part védelmére. Öt napos tanulmány után, Jan-on jelentette Marshallnak. 27, 1942 hogy a “színház műveletek” megjelölés (meg december. 11) taktikai okokból el kell távolítani, mivel ” a Nyugati Part védelméhez csak egy funkcionális parancs szükséges, amelynek feladata a parti határ védelme a légi és tengeri felszíni rajtaütések ellen.”Dewitt és a hadsereg Prépostja, Allen Gullion tábornok tiltakozott, nagyrészt azért, mert az ilyen akció veszélyeztetné erőfeszítéseiket, hogy eltávolítsák az összes Japán amerikait a nyugati partról.

néhány nappal később, februárban. 3, tanúskodott a Nyugati Part védelmével foglalkozó Ház-Szenátus bizottság előtt, amelynek elnöke sen. Rufus Holman Oregonból. Harold Stark haditengerészeti műveleti főnökkel együtt kijelentette, hogy “az inváziós erőfeszítés szóba sem jöhet”, és hogy az ellenség leginkább az lenne, ha “esetleg egy tengeralattjáró néhány lövedéket dobna valamilyen városba, ami a gyakorlati eredmények szempontjából hiábavaló művelet lenne.”Az, hogy elutasította a Nyugati Part Japán inváziójának lehetőségét, összhangban volt a hadsereg hírszerzési jelentéseivel, és látszólag aláásta a japán amerikaiak tömeges kirekesztésének egyik fő indokát.

Clark második és ehhez kapcsolódó feladata az volt, hogy katonai tervező szemszögéből vizsgálja meg, mit kell tenni a japán amerikaiakkal a nyugati parton. 1942 februárjának elején arra a következtetésre jutott, hogy a DeWitt és tanácsadói által javasolt japán amerikaiak tömeges eltávolítása nem volt tanácsos, és “hitetlenségét fejezte ki”, amikor DeWitt február 12-én tájékoztatta őt ezekről a tervekről. Hivatkozva a hadsereg munkaerőigényére tömeges eltávolítási forgatókönyvben—úgy vélte, hogy 10 000-15 000 katonának kell csak a bebörtönzött idegen csoportot őriznie—ehelyett azzal érvelt, hogy azonosítsa a “kritikus létesítményeket”, amelyeket védeni kell az ellenséges idegenek kilakoltatásával a kerületük körül. Azt is javasolta, hogy “a gyűrűvezetőket és a gyanúsítottakat szabadon internálják”, valamint gyakori razziákat és ellenpropagandákat. De indokolottabb javaslata túl későn jött, mivel a drákói tömeges eltávolítási forgatókönyvet Henry Stimson elnök és hadügyminiszter már jóváhagyta , egyikük sem kérdezte Clark vagy Marshall tábornokok véleményét.

1943 januárjában Clark altábornagyot nevezték ki az ötödik hadsereg parancsnokává, és vezette a szövetségesek offenzíváját Olaszországban. A parancsnoksága alatt álló katonák között volt a 100. gyalogos zászlóalj, amely Japán amerikaiakból állt Hawai ‘ i. kezdetben Dwight D tábornok elutasította. Eisenhower, Clark készségesen fogadta őket, és hamarosan a “leglelkesebb támogatójuk” lett, hivatkozva “hatékonyságukra” és “gyors reakciójukra az ellenséges ellenállásra” az ellenséggel való első találkozásaik során. Önéletrajzában emlékeztetett arra, hogy a 100.volt”… az ötödik hadsereg egyik legértékesebb eszköze”, amelyet “nagyszerűen harcoltak az olasz hadjárat során.”Úgy tűnt, hogy a Nisei csapatok nagyon tudatában voltak annak a ténynek, hogy lehetőségük volt bizonyítani sok ezer japán származású amerikai lojalitását, és készségesen magas árat fizettek e cél elérése érdekében. Büszke voltam rá, hogy az ötödik hadseregben szolgáltam.”

Clark ellenvetései miatt a 100.és 442. Ezred harci csapatát (amely a 100. ezredet is magában foglalta) Franciaországba szállították, hogy segítsen elfoglalni a Vosges-hegységet 1944 szeptemberében. Ennek megakadályozása érdekében azt javasolta Marshallnak, hogy a 100. – at szakítsák meg a 442. – től, és maradjanak vele, míg a 442. – et Franciaországba küldik, azzal érvelve, hogy a reklámhatások megsokszorozódnak egy ilyen forgatókönyvben. “Nehéz eltúloznom azt az utazást, amelyet a 100.gyalogos zászlóalj ötödik hadseregében tapasztaltam” – írta búcsúlevélben. “Szeretném kifejezni őszinte elismerésemet az elvégzett nagyszerű munkáért, és sok sikert kívánok az új vállalkozásokhoz.”Később, 1945 áprilisában, a 442-esek visszatértek Olaszországba, és Clark alatt szolgáltak—aki jelenleg a tizenötödik Hadseregcsoport parancsnoka volt, amely az összes olaszországi szövetséges erőt irányította-a háború hátralévő részében. Clark május 2-án megadta magát Németországnak.