Quelques semaines après l’attaque de Pearl Harbor, Marshall assigna à Clark deux tâches qui auraient pu avoir un impact sur la décision d’incarcérer tous les Américains d’origine japonaise sur la côte Ouest. Dans les deux cas, ses conclusions qui s’opposaient directement ou indirectement à l’exclusion ont été largement ignorées. Dans un premier temps, Marshall envoya Clark visiter le Commandement de la défense de l’Ouest en réponse à l’appel de son commandant, le général John DeWitt, pour plus de troupes avec lesquelles défendre la côte Ouest. Après cinq jours d’études, il a rendu compte à Marshall le janvier. 27, 1942 que la désignation de « théâtre d’opérations » (fixé le déc. 11) être supprimé pour des raisons tactiques, car « tout ce qui est nécessaire pour protéger la côte Ouest est un commandement fonctionnel ayant pour mission de défendre la frontière côtière contre les raids aériens et navals de surface. » DeWitt et le prévôt de l’Armée, le général Allen Gullion, s’y opposèrent, en grande partie parce qu’une telle action mettrait en danger leurs efforts pour chasser tous les Américains d’origine japonaise de la côte Ouest.
Quelques jours plus tard, en février. 3, il a témoigné devant un comité Chambre-Sénat sur la défense de la Côte Ouest présidé par Sen. Rufus Holman de l’Oregon. Avec le chef des opérations navales Harold Stark, il a déclaré qu ‘ »un effort d’invasion était hors de question » et que le maximum dont l’ennemi était capable serait « d’avoir éventuellement un sous-marin lancer quelques obus dans une ville, ce qui serait une opération futile du point de vue des résultats pratiques. »Son rejet de la possibilité d’une invasion japonaise de la côte Ouest était cohérent avec les rapports des services de renseignement de l’armée et semblait sous-estimer l’une des principales justifications de l’exclusion massive des Américains d’origine japonaise.
La deuxième mission de Clark était d’étudier ce qui devrait être fait avec les Américains d’origine japonaise sur la côte Ouest du point de vue d’un planificateur militaire. Au début de février 1942, il était arrivé à la conclusion que le retrait massif des Américains d’origine japonaise proposé par DeWitt et ses conseillers était mal avisé et « exprima son incrédulité » lorsque DeWitt l’informa de ces plans le 12 février. Citant les besoins en main—d’œuvre de l’armée dans un scénario d’enlèvement de masse — il pensait que 10 000 à 15 000 soldats seraient nécessaires pour ne garder que le groupe d’étrangers incarcérés – il a plutôt plaidé pour l’identification des « installations critiques » à protéger en expulsant les étrangers ennemis autour de leur périmètre. Il a également recommandé que « les chefs de réseau et les suspects soient internés généreusement », ainsi que des raids fréquents et des contre-propositions. Mais sa proposition plus raisonnée arriva trop tard, car le scénario plus draconien de l’enlèvement de masse avait déjà été approuvé par le président et secrétaire à la Guerre Henry Stimson, qui n’avait pas demandé l’avis des généraux Clark ou Marshall.
En janvier 1943, le lieutenant-général Clark est nommé commandant de la Cinquième Armée et dirige l’offensive alliée en Italie. Parmi les soldats sous son commandement se trouvait le 100e Bataillon d’infanterie, composé d’Américains d’origine japonaise d’Hawaï. Initialement rejeté par le général Dwight D. Eisenhower, Clark les a pris volontiers et est rapidement devenu leur « partisan le plus enthousiaste », citant leur « efficacité » et leur « réaction rapide à une opposition hostile » lors de leurs premières rencontres avec l’ennemi. Dans son autobiographie, il a rappelé que le 100e était « … l’un des atouts les plus précieux de la Cinquième armée » et qu’ils « se sont magnifiquement battus tout au long de la campagne d’Italie. » »Les troupes de Nisei semblaient très conscientes du fait qu’elles avaient l’occasion de prouver la loyauté de plusieurs milliers d’Américains d’ascendance japonaise », a-t-il ajouté, « et elles ont volontairement payé un prix élevé pour atteindre cet objectif. J’étais fier de les avoir dans la Cinquième armée. »
Face aux objections de Clark, les 100e et 442e Régiments de Combat (qui incorporaient le 100e) ont été transférés en France pour aider à prendre les Vosges en septembre 1944. Dans un effort pour éviter cela, il proposa à Marshall que le 100e soit séparé du 442e et reste avec lui, tandis que le 442e serait envoyé en France, arguant que les effets de publicité seraient multipliés dans un tel scénario. « Il m’est difficile d’exagérer le trajet que j’ai connu en ayant le 100e bataillon d’infanterie dans la Cinquième Armée », leur a-t-il écrit dans une lettre d’adieu. » Je tiens à vous exprimer ma sincère reconnaissance pour le travail remarquable que vous avez accompli et je vous souhaite plein succès dans vos nouvelles entreprises. » Plus tard, en avril 1945, le 442e retourna en Italie et servit sous les ordres de Clark — qui était maintenant commandant du Quinzième Groupe d’armées responsable de toutes les forces alliées en Italie — pour le reste de la guerre. Clark a pris la capitulation allemande de l’Italie le 2 mai.