Il primo conflitto di Bonifacio con il re francese fu seguito da un’apparente riconciliazione, che fu enfatizzata dalla canonizzazione del santo antenato di Filippo, Luigi IX. Un secondo conflitto, scoppiato nel 1301 intorno alle accuse inventate contro un vescovo della Francia meridionale, Bernard Saisset di Pamiers, e il suo processo sommario e la sua prigionia, si rivelarono inconciliabili. Ora il re minacciava e intendeva distruggere uno dei guadagni più fondamentali che il papato aveva fatto e mantenuto nelle grandi lotte degli ultimi due secoli: papale, piuttosto che secolare, il controllo del clero. Il papa non poteva scendere a compromessi qui, e nella bolla Ausculta fili (“Ascolta Figlio”) rimproverò bruscamente Filippo e chiese ammenda, in particolare la liberazione del vescovo, che aveva fatto appello a Roma. Invece, il cancelliere del re, Pierre Flotte, è stato permesso di diffondere un estratto distorto della bolla e quindi per preparare l’opinione pubblica per la grande assemblea degli Stati generali (il corpo legislativo della Francia) nel mese di aprile 1302, in cui nobili e borghesi con entusiasmo, e il clero a malincuore, sostenuto il re.

Bonifacio, tuttavia, sembra aver avuto un buon motivo di speranza per una favorevole risoluzione del conflitto, perché Filippo esercito fu poco dopo disastrosamente sconfitto da una lega di Fiammingo cittadini e perché il re tedesco e potenziali imperatore Alberto I d’Asburgo, era pronto a rinunciare alla sua alleanza francese se il papa si riconosce il contestato la legittimità del suo governo. Questo riconoscimento fu concesso all’inizio del 1303 in termini che esaltavano il rapporto ideale e tradizionale, anche se raramente realizzato, armonioso tra il papato e il Sacro Romano Impero. Questo impero ora è stato detto dal papa di possedere—sotto la supremazia papale finale—una sovranità su tutti gli altri regni, compresa la Francia.

Nel novembre del 1302 Bonifacio aveva emesso una dichiarazione ancora più fondamentale riguardante la posizione del papato nel mondo cristiano, la bolla Unam sanctam (“Un Santo”), che è diventata la più nota di tutti i documenti papali del Medioevo a causa della sua presunta formulazione radicale ed estrema del contenuto dell’ufficio papale. Il toro nel suo complesso è infatti una forte ma non una nuova invocazione della supremazia dello spirituale sul potere temporale. Tuttavia, il vecchio Gelasian dottrina che entrambi i poteri sono distinti ed entrambi sono da Dio è chiaramente indicato, e nella frase dogmatica finale il papa non parla del potere temporale, ma della creatura umana come oggetto del papale pienezza di potere, la cui sottomissione è detto di essere necessario per la salvezza.

Nel frattempo in Francia, il consigliere di Filippo IV Guillaume de Nogaret aveva preso il posto di Flotte come leader di una politica reale attivamente anti-papale. Filippo fu sostenuto in questa politica da altri nemici del papa, tra cui il legato che Bonifacio aveva inviato in Francia in questi mesi critici e che tradì il suo maestro, il cardinale francese Jean Lemoine (Johannes Monachus). Molte accuse ingiustificate contro Bonifacio, che vanno dall’ingresso illegale nell’ufficio papale all’eresia, furono sollevate contro di lui in una riunione segreta del re e dei suoi consiglieri tenutasi al Louvre di Parigi; queste accuse dovevano essere riprese ed elaborate in seguito durante il processo postumo contro il papa perseguito da Filippo IV. Poco dopo la riunione del Louvre, in cui Nogaret aveva chiesto la condanna del papa da parte di un consiglio generale della chiesa, Nogaret andò in Italia per suscitare, se possibile, la ribellione contro il papa.