La zona intorno al lago salato non è abitata, ma vi è qualche pastorizia e qualche coltivazione stagionale. Le minacce per l’equilibrio di salinità da un aumento degli afflussi di siltation proverranno da un maggiore disboscamento previsto negli spartiacque Natron e da una centrale idroelettrica pianificata sull’Ewaso Ng’iro oltre il confine in Kenya. Sebbene i piani di sviluppo includano la costruzione di una diga all’estremità nord del lago per contenere l’acqua dolce, la minaccia di diluizione in questo terreno fertile potrebbe essere ancora seria. Non esiste una protezione formale.
Una nuova minaccia per il lago Natron è lo sviluppo proposto di una pianta di carbonato di sodio sulle sue rive. L’impianto pomperebbe acqua dal lago ed estrarrebbe il carbonato di sodio per convertirlo in detersivo per l’esportazione. Ad accompagnare l’impianto ci sarebbero alloggi per oltre 1000 lavoratori e una centrale elettrica a carbone per fornire energia al complesso dell’impianto. Inoltre, vi è la possibilità che gli sviluppatori possano introdurre un gambero di salamoia ibrido per aumentare l’efficienza dell’estrazione.
Secondo Chris Magin, la RSPB internazionale ufficiale per l’Africa, “La possibilità del minore fenicotteri continuare ad allevare a fronte di tale mayhem sono prossimi allo zero. Questo sviluppo lascerà fenicotteri minori in Africa orientale di fronte all’estinzione”. Il settantacinque per cento dei fenicotteri minori del mondo sono nati sul lago Natron. Attualmente un gruppo di più di cinquanta conservazione dell ” Africa orientale e istituzioni ambientali sono in esecuzione una campagna in tutto il mondo per fermare la costruzione prevista della fabbrica di cenere di soda da Tata Chemicals Ltd di Mumbai, India e National Development Corporation della Tanzania. Il gruppo che lavora sotto il nome di Lake Natron Consultive Group è coordinato da Ken Mwathe, Responsabile del programma di conservazione presso il Segretariato per l’Africa di BirdLife International.
Come da comunicazione del giugno 2008, Tata Chemicals non procederà con il Progetto Natron e un ulteriore riesame di questo progetto sarà soggetto al piano delle zone umide di Ramsar, attualmente in preparazione.
A causa della sua biodiversità unica, la Tanzania ha nominato il bacino del Lago Natron nella lista di Ramsar delle zone umide di importanza internazionale il 4 luglio 2001. Il lago è anche il World Wildlife Fund East African halophytics ecoregione.