Dopo la sua carriera da giocatore, Renteria è rimasto nel baseball. Il suo primo lavoro manageriale di minor league fu nel 1998 con i Brevard County Lamantini nell’organizzazione Marlins. Ha continuato a gestire nel sistema Marlins fino al 2001. Nel 2003, è stato nominato allenatore per la tempesta di Lake Elsinore nell’organizzazione Padres, e nel 2004 è diventato il manager della Tempesta. Dopo tre stagioni con la Tempesta, nel 2007 è stato spostato fino alla Tripla-A Portland Beavers. È stato promosso a un lavoro di coaching major league nel 2008.

Renteria spostato ad essere l’allenatore panchina Padres per 2011. Ha anche gestito la squadra nazionale di baseball del Messico nel 2013 World Baseball Classic. Il 7 novembre 2013, Renteria fu assunto come manager dei Chicago Cubs. Dopo una stagione di lavoro, fu rescisso il 31 ottobre 2014, una settimana dopo che il suo successore dei Cubs Joe Maddon optò per il suo contratto con i Tampa Bay Rays.

Per la stagione 2016, Renteria è stato assunto dai Chicago White Sox per servire come loro allenatore panchina.

Per la stagione 2017, Renteria ha sostituito il manager dei White Sox Robin Ventura. Renteria è stato il secondo manager nella storia del baseball di Chicago, dopo Johnny Evers, a gestire entrambe le franchigie della città. Nel 2017 è stato espulso sette volte, più di qualsiasi altro manager nei campionati maggiori. Nel 2020, ha portato i White Sox ai playoff per la prima volta dal 2008. Hanno perso nella serie Wild Card in 3 giochi per l’Oakland Athletics. Il 12 ottobre, i White Sox hanno annunciato che Renteria non sarebbe tornato come manager, terminando il suo mandato con la squadra con un anno rimanente sul suo contratto. Il suo record complessivo in quattro stagioni con i Sox era 236-309.