tijdelijke droge neus en keel, irritatie, bloeding of onaangename smaak of geur kunnen optreden. Neustussenschot perforatie wordt zelden gemeld. Zeldzame, maar gelokaliseerde infecties van de neus en keelholte met Candida albicans zijn gemeld en langdurig gebruik kan de kans op staar of glaucoom verhogen.

flunisolide neusspray wordt geabsorbeerd in de bloedsomloop (bloed). Corticosteroid neussprays kunnen de functie van de hypothalamus-hypofyse-bijnieras bij mensen beïnvloeden. Nadat het gewenste klinische effect is verkregen, moet de onderhoudsdosis worden verlaagd tot de kleinste hoeveelheid die nodig is om de symptomen onder controle te houden, die zo laag kan zijn als 1 verstuiving in elk neusgat per dag. Met behulp van de minimale effectieve dosis zal de mogelijkheid van bijwerkingen te verminderen. Aanbevolen hoeveelheden intranasale corticosteroïden worden over het algemeen niet geassocieerd met systemische bijwerkingen.

corticosteroïden remmen wondgenezing. Daarom moet bij gebruik van corticosteroïd neussprays bij patiënten met recente neuseptumulcera, recidiverende epistaxis, nasale chirurgie of trauma, een nasaal corticosteroïd met voorzichtigheid worden gebruikt totdat genezing heeft plaatsgevonden. Tijdens de zwangerschap zijn de aanbevolen doses intranasale corticosteroïden veilig en effectief.