het gebied rond het zoutmeer is niet bewoond, maar er is wel wat veehouderij en wat seizoensgebonden teelt. De bedreigingen voor de saliniteitsbalans als gevolg van de toegenomen verzilting zullen worden veroorzaakt door meer geplande houtkap in Natron-stroomgebieden en een geplande waterkrachtcentrale op de Ewaso Ng ‘ Iro over de grens in Kenia. Hoewel ontwikkelingsplannen voorzien in de aanleg van een dijk aan de noordkant van het meer om het zoetwater in te Dammen, kan de dreiging van verdunning voor deze broedplaats nog steeds ernstig zijn. Er is geen formele bescherming.
een nieuwe bedreiging voor het Natronmeer is de voorgestelde ontwikkeling van een natriumcarbonaat-installatie aan de oevers. De fabriek zou water uit het meer pompen en het natriumcarbonaat extraheren om te zetten in waspoeder voor export. Naast de centrale zouden er meer dan 1000 werknemers wonen en een kolengestookte Centrale om energie te leveren voor het complex van de centrale. Daarnaast is er een mogelijkheid dat de ontwikkelaars een hybride pekelgarnaal kunnen introduceren om de efficiëntie van de extractie te verhogen.
volgens Chris Magin, de internationale officier voor Afrika van de RSPB, “de kans dat de kleine flamingo’ s blijven broeden in het gezicht van dergelijke chaos zijn bijna nul. Deze ontwikkeling zal kleine flamingo ’s in Oost-Afrika met uitsterven bedreigen”. Vijfenzeventig procent van ’s werelds kleine flamingo’ s zijn geboren op Lake Natron. Momenteel voert een groep van meer dan vijftig Oost-Afrikaanse natuur-en milieu-instellingen een wereldwijde campagne om de geplande bouw van de soda ash factory door Tata Chemicals Ltd Uit Mumbai, India en National Development Corporation van Tanzania te stoppen. De groep die werkt onder de overkoepelende naam Lake Natron Consultative Group wordt gecoördineerd door Ken Mwathe, Conservation Programme Manager bij BirdLife International ‘ s Africa Secretariat.
volgens de mededeling van juni 2008 zal Tata Chemicals niet doorgaan met het Natron-Project en zal het verdere onderzoek van dit project worden onderworpen aan het Ramsar Wetlands plan, dat momenteel in voorbereiding is.vanwege zijn unieke biodiversiteit heeft Tanzania Het Natronbekken op 4 juli 2001 op de Ramsar-lijst van Wetlands van internationaal belang geplaatst. Het meer is ook het World Wildlife Fund East African halophytics ecoregion.