palindroomsequentie in het DNA van de bacterie Streptococcus agalactiae. Delen van de letterreeks van de ene streng (groen) komen overeen met die van de andere streng (geel) in de omgekeerde volgorde. Het palindroom is echter niet perfect. Het bevat ook een niet-palindromische sequentie (Wit). Het DNA kan haarspeldstructuren vormen met behulp van een gebroken palindroom zoals deze. © MPG / Art for Science 
“Able was I ere I saw Elba”: dit nogal bombastische statement is een palindroom zin, met andere woorden, het leest precies hetzelfde vooruit als achteruit. Het begin van de CRISPR revolutie werd gekenmerkt door de ontdekking van een groot aantal herhaalde palindromic opeenvolgingen in een gebied van bacterieel DNA. In deze opeenvolgingen worden de letters van de genetische code, de vier basismoleculen adenine, cytosine, thymine en guanine, zodanig geordend dat zij dezelfde orde hebben als de tweede complementaire DNA-streng – in dit geval in tegenovergestelde richting gelezen. Dit is de eigenschap die CRISPR (regelmatig geclusterde korte palindromische herhalingen) zijn tongdraaiende naam geeft.
In tegenstelling tot woordpalindromen zoals ‘civic’ en ’tenet’, die een betekenis hebben, hebben de palindromen in het genetica woordenboek geen zin en kunnen ze niet worden vertaald in functionele eiwitten. Toch zijn ze niet helemaal zinloos. DNA-scherpe proteã nen gebruiken vaak palindrome opeenvolgingen als erkenningssequenties, waarbij zij het molecuul van DNA snijden. Deze opeenvolgingen kunnen vier, zes of acht lange basisparen zijn, hoewel sommige scherpe proteã nen 20 of meer basisparen vereisen.
uit de palindromische sequenties van het CRISPR-gebied worden de moleculen van RNA getranscribeerd, die een zeer stabiele regeling (secundaire structuur) aannemen. Ze variëren tussen 23 en 47 basisparen in lengte. De veranderlijke gebieden van gelijkaardige lengte kunnen tussen deze opeenvolgingen worden gevonden. Zij kwamen uit het genoom van vreemd DNA voort dat de bacteriële cel penetreerde, en zijn ook genoemd geworden afstandsdna.
het CRISPR – gebied omvat een promotor die ervoor zorgt dat het CRISPR-gebied kan worden gelezen en vertaald in het CRISPR-RNA (crRNA). Andere genen bekend als CRISPR-geassocieerde genen (Cas) bevinden zich naast het. Deze genen vormen de blauwdruk voor de Cas-eiwitten-namelijk de enzymen die de DNA-streng doorsnijden. De CRISPR en de spaceropeenvolgingen worden gevolgd door een gebied voor een molecule van RNA die als tracrRNA wordt bekend, die de scherpe molecules en crRNA aan hun doelplaatsen op het virusdna leidt.