na zijn speelcarrière bleef Renteria in het honkbal. Zijn eerste minor league leidinggevende baan was in 1998 bij de Brevard County Manatees in de Marlins organisatie. Hij bleef het Marlins-systeem beheren tot 2001. In 2003 werd hij benoemd tot de hitting coach voor de Lake Elsinore Storm in de Padres organisatie, en in 2004 werd hij de manager van de Storm. Na drie seizoenen met the Storm, in 2007 werd hij verplaatst naar de Triple-A Portland Beavers. Hij werd gepromoveerd tot een major league coaching baan in 2008.

Renteria werd in 2011 Padres bench coach. Hij was ook manager van het nationale honkbalteam van Mexico in de 2013 World Baseball Classic. Op 7 November 2013 werd Renteria aangesteld als manager van de Chicago Cubs. Na een seizoen op de baan, hij werd beëindigd op Oktober 31, 2014, een week nadat zijn Cubs opvolger Joe Maddon opt-out van zijn contract met de Tampa Bay Rays.voor het seizoen 2016 werd Renteria ingehuurd door de Chicago White Sox om te dienen als hun bench coach.in het seizoen 2017 verving Renteria de manager van White Sox Robin Ventura. Renteria was de tweede manager in de honkbalgeschiedenis van Chicago, na Johnny Evers, om beide franchises van de stad te beheren. In 2017 werd hij zeven keer uitgeworpen, meer dan enige andere manager in de Major League. In 2020 nam hij de White Sox voor het eerst sinds 2008 mee naar de Play-offs. Ze verloren in de Wild Card-serie in 3 wedstrijden van de Oakland Athletics. Op 12 oktober maakte de White Sox bekend dat Renteria niet meer zou terugkeren als manager, waardoor hij zijn contract met het team beëindigde. Zijn record in vier seizoenen met de Sox was 236-309.