1894年11月1日、アレクサンドロス3世は49歳でリヴァディアで死去した。 彼女の日記でマリアは書いた、”私は全く悲嘆と落胆していますが、私は幸せな笑顔と後に来た彼の顔に平和を見たとき、それは私に強さを与えました。”二日後、ウェールズの王子と王女はロンドンからLivadiaに到着しました。 プリンス-オブ-ウェールズは葬儀の準備に自分自身を関与させるために自分自身にそれを取ったが、ウェールズ王女は彼女と一緒に祈り、彼女の枕元で眠っているなど、悲しみのマリアを慰めるために彼女の時間を過ごした。 マリア・フェオドロヴナの誕生日は葬儀の1週間後であり、宮廷の喪が幾分緩和される日であったため、ニコラウスはヘッセン＝ダルムシュタットのアリックスと結婚するためにこの日を利用した。
皇太后として、マリアはニコラスやアレクサンドラのいずれかよりもはるかに人気がありました。 彼女の息子の戴冠式の間に、彼女、ニコラス、アレクサンドラは別々の馬車に到着しました。 彼女は”ほとんど耳をつんざくような”拍手で迎えられました。 訪問作家のケイト-クールは、彼女が”彼女の息子よりも多くの人々からの応援を引き起こした”と指摘した。 人々はこの女性を知っている十三年を持っていたし、彼らは非常に彼女を愛することを学んだ。”アメリカのジャーナリスト、リチャード-ハーディング-デイヴィスは、彼女が”皇帝や皇帝よりも大声で挨拶されたことに驚いた。”アレキサンダー IIIの死が後退した後、マリアは再び未来の明るい視野を取った。 彼女が言ったように、”すべてが大丈夫になります”。 マリアはサンクトペテルブルクのAnichkov宮殿とGatchina宮殿に住み続けました。 1896年5月、ニコラウスとアレクサンドラの戴冠式のためにモスクワに赴いた。
即位に間に合うようにニコライ2世のために新しい帝国列車が建設されたため、アレクサンドル3世の「臨時帝国列車」（ボルキの災害を生き延びた車といくつかの改造された標準客車で構成されていた）は皇太后の個人的な使用に移された。
彼女の息子の治世の最初の年の間に、マリアはしばしばツァールの政治顧問として行動しました。 彼自身の能力の不確かさと彼女の接続と知識を認識して、皇帝ニコラスIIは、多くの場合、彼は決定を下す前に彼女の助言を求めるだろうと大臣に言 ニコラスが最初に父親の大臣を守ったことは、彼女の助言によると伝えられていました。 マリア自身は、彼女の息子は弱い性格であり、彼が悪い人よりも彼女の影響を受けた方が良いと推定しました。 彼女の娘オルガは彼女の影響に述べた: “彼女は前に少なくとも関心を取ったことがなかった…今、彼女はそれが彼女の義務だと感じた。 彼女の性格は磁気的であり、活動の彼女の熱意は信じられないほどでした。 彼女は帝国のすべての教育パルスに彼女の指を持っていた。 彼女は秘書を細断するために働くだろうが、彼女は自分自身を惜しまなかった。 委員会で退屈していても、彼女は決して退屈に見えませんでした。 彼女の態度と、何よりも、彼女のタクトは皆を征服しました”。 彼女の配偶者の死後、マリアはロシアが革命を避けるために改革が必要であると確信するようになった。 廷臣のポール・ベンケンドルフによると、マリアが息子に保守派のワールを内務大臣に任命しないように頼んだ場面があった。 彼女はニコラスが同意しなかった場合、彼女は”デンマークのために出発し、私なしでここで彼らはあなたの頭をひねりましょう”と言った。 ニコラスは彼女の支持された候補者を任命した、と彼女は伝えられるところによると、彼女の支持された候補者に言って受け入れるように自由改革派ピーター・スヴィアトポルク・ミルスキーに言った: “あなたは私の息子の願いを満たさなければなりません。 しかし、同年に皇帝に息子が誕生した後、ニコラス2世は妻のアレクサンドラ皇后と政治的な親友と顧問として母親を置き換えました。
マリア-フェオドロヴナの義理の孫、フェリックス-ユスポフ王子は、彼女がロマノフ家に大きな影響を与えたと指摘した。 セルゲイ-ヴィッテは彼女のタクトと外交的スキルを賞賛した。 それにもかかわらず、彼女の社会的なタクトにもかかわらず、彼女は義理の娘、Tsarina Alexandraとうまくいかず、彼女の息子Nicholasとロシア帝国を一般的に悩ませていた多くの災難に責任を負っていました。 彼女はアレクサンドラが公の支持を得ることができなかったことに愕然とし、また彼女が結婚してからほぼ10年後まで相続人を出産しなかったことにも驚いた。 ロシアの宮廷の慣習では、皇太后が皇后よりも優先され、マリアが息子たちに持っていた所有権と相まって、皇后アレクサンドラへの嫉妬は義母と義理の間の緊張を悪化させるだけであった。 Sophie Buxhoevedenはこの対立について、「実際に衝突することなく、彼らは根本的にお互いを理解することができないように見えた」と述べ、娘のオルガは「彼らはお互いを理解しようとしていたが失敗した。 彼らは性格、習慣、見通しが全く異なっていました”。 マリアは社交的で優れたダンサーであり、人々と自分自身を恩寵する能力を持っていたが、アレクサンドラは知的で美しいが、非常に恥ずかしがり屋であり、ロシアの人々から自分自身を閉じていた。
二十世紀の変わり目までに、マリアは海外で増加する時間を費やしていました。 1906年、父クリスチャン9世が死去した後、1901年にイギリス女王となった姉アレクサンドラとともに、ヒヴィデレの別荘を購入した。 翌年、政治情勢の変化により、マリア・フェオドロヴナはエドワード7世とアレクサンドラ女王によってイングランドに歓迎され、マリアは1873年以来初めてイングランドを訪れた。 1908年初めの訪問に続いて、マリア-フェオドロヴナはその夏に義兄と妹のロシア訪問に出席した。 2年後、マリア・フェオドロヴナは1910年5月に義理の兄エドワード7世の葬儀のために再びイギリスに旅した。 1910年に3ヶ月近くイギリスを訪問していたマリア・フェオドロヴナは、妹のアレクサンドラ王妃に義理の娘のメアリー女王よりも優先権を主張させようとしたが、失敗した。
皇后マリア-フェオドロヴナ、Langinkoskiリトリートの愛人は、そうでなければフィンランドの知られている友人でした。 第一次ロシア化の間、彼女は息子に大公国の自治権の制約を止めさせ、不人気な総督ボブリコフをフィンランドからロシアの他の地位に呼び出そうとした。 第二次ロシア化時代、第一次世界大戦が始まると、皇太后はフィンランドを経由してサンクトペテルブルクに向かう特別列車でフィンランドのロシア化に不満を表明し、歓迎委員会のオーケストラにポリ連隊の行進とフィンランド国歌”Maamme”を演奏させた。
1899年、マリアの次男ジョージはコーカサスで結核で死亡した。 葬儀の間、彼女は落ち着きを保ちましたが、奉仕の終わりに、彼女は棺の上にあった息子のトップハットをつかんで教会から走り、彼女の馬車の中ですすり泣いて倒れました。1892年、マリアはオルガの悲惨な結婚をオルデンブルク公ペーターと手配した。 何年もの間、ニコラスは不幸な妹に離婚を与えることを拒否し、戦争の真っ只中の1916年にのみ放棄しました。 オルガがニコライ-クリコフスキーとモルガナティックな結婚を契約しようとしたとき、マリア-フェオドロヴナとツァールは彼女を説得しようとしたが、彼らはあまりにも激しく抗議しなかった。 実際、マリア・フェオドロヴナは1916年11月に結婚式に出席した数少ない人物の一人でした。
1912年、マリアは最年少の息子とトラブルに直面し、彼は秘密裏に彼の愛人と結婚しました。
マリア-フェオドロヴナはラスプーチンを嫌っており、ニコラスとアレクサンドラに彼を送り返すよう説得しようとしたが失敗した。 彼女はラスプーチンを危険なシャーラタンとみなし、アレクサンドラの”狂った、汚れた、宗教的な狂信者”への執着に絶望した。 彼女はラスプーチンの活動が皇室の威信を傷つけていることを心配し、ニコラスとアレクサンドラに彼を送るように頼んだ。 ニコラスは黙っていたが、アレクサンドラは拒否した。 マリアは皇后が真の摂政であることを認識し、彼女はまた、そのような位置のための能力を欠いていたこと：”私の貧しい義理の娘は、彼女が王朝と自分自身を台無しにしていることを認識していません。 彼女は冒険者の神聖さを心から信じており、私たちは必ず来る不幸を追い払うことはできません。”ツァールはアレクサンドラの助言に1914年2月に大臣ウラジミールココフツォフを解任したとき、マリアは再び彼女がアレクサンドラがロシアの本当の支配者であることをさらに確信するようになったように答えた彼女の息子を非難し、彼女はココフツォフに呼びかけ、彼に言った：”私の義理の娘は私を好きではありません;彼女は私が彼女の力を嫉妬していると考えています。 彼女は私の一つの願望が私の息子を幸せに見ることであることを認識していません。 しかし、私たちは何らかの大惨事に近づいているのを見て、ツァールは誰にも耳を傾けませんが、お世辞…なぜあなたはツァールにあなたが考え、知っているすべてを言わないのですか…それがすでに遅すぎないのであれば”。
第一次世界大戦
1914年5月、マリア・フェオドロヴナは姉を訪問するためにイギリスに旅行した。 彼女がロンドンにいる間、第一次世界大戦が勃発し（1914年7月）、彼女はロシアに急いで家に帰ることを余儀なくされました。 ベルリンでは、ドイツ当局は彼女の列車がロシア国境に向かって続くのを妨げた。 代わりに、彼女は（中立的な）デンマークとフィンランドを経由してロシアに戻らなければならなかった。 8月に帰国すると、彼女はガッチナよりもサンクトペテルブルク（1914年8月にペトログラードに改名）に近いイェラギン宮殿に住居を構えた。 戦争中、彼女はロシアの赤十字の大統領を務めた。 彼女は1904年から1905年の日露戦争で十年前に行っていたように、彼女はまた、衛生列車に資金を供給しました。
戦争中、皇后アレクサンドラがツァーリを通じて国事に与えた影響について皇室内で大きな懸念があり、グリゴリラスプーチンが彼女に与えた影響は、国民を挑発し、皇位の安全と君主制の存続を危険にさらすと考えられていたと考えられていた。 皇帝の親族を代表して、皇后の妹のエリザベス・フェオドロヴナ大公女とその従兄弟のヴィクトリア・フェオドロヴナ大公女は、アレクサンドラ皇后にラスプーチンを宮廷から追放して彼女と王位の評判を守るよう依頼したが、成功しなかった。 並行して、大公のいくつかはツァーリに介入しようとしましたが、これ以上の成功はありませんでした。
1916年から1917年のこの紛争の間、大公妃マリア-パヴロヴナは、アレクサンドロス宮殿に侵入し、皇帝を退位させ、息子のキリル大公の摂政の下で彼の未成年の息子に置き換えることを余儀なくされた帝国警備隊の四つの連隊の助けを借りて、皇帝を退位させるクーデターを計画したと伝えられている。
この危機的な状況では、マリア-フェオドロヴナが君主制を救うために息子を王位から退位させる計画されたクーデターに関与していたという事実を裏付ける文書がある。 この計画は、マリアがラスプーチンを追放するためにツァールに最終的な最後通牒を出すことを望んでいなかったと伝えられており、これはクーデターを解き放つための信号であった。 彼女は彼女の息子を置き換えるために計画された正確にどのように確認されていませんが、二つのバージョンが利用可能です：最初に、ロシアの大公ポールアレクサンドロヴィチは、彼女の名前で権力を取ること、そして彼女自身がその後に支配皇后になること; 他のバージョンはさらに、ロシアの大公パウル-アレクサンドロヴィチが皇帝を息子である王位継承者であるマリアの孫アレクセイに置き換え、マリアとパウル-アレクサンドロヴィチが彼の少数派の間に摂政として権力を共有すると主張している。 皇后アレクサンドラは大臣ポリャノフを解任するために皇帝に求めていた後、マリアは皇帝に彼女のアピールをするように求められました。 当初、彼女は控訴を拒否し、彼女の義理の大公夫人マリア・パブロヴナはフランス大使に次のように述べた：「彼女を守るのは勇気や傾きを望んでいない。 彼女はしない方が良いです。 彼女はあまりにも率直で横柄です。 彼女は彼女の息子を講義を開始した瞬間、彼女の気持ちは彼女と一緒に逃げる;彼女は時々彼女が何をすべきかの正反対を言う;彼女は彼を困らせ、屈辱 その後、彼は彼の尊厳の上に立って、彼が皇帝である母親に思い出させます。 彼らは怒りの中でお互いを残します。”最終的には、彼女はしかし、アピールをするために確信していました。 伝えられるところによると、アレクサンドラ皇后は計画されたクーデターについて知らされ、マリア-フェオドロヴナがツァーリに最後通牒をしたとき、皇后は母親に首都を離れるように命じるよう説得した。 その結果、皇太后は同じ年にキエフのMariyinsky宮殿に住むためにPetrogradを去った。 彼女は再びロシアの首都に戻ったことはありません。 アレクサンドラ皇后は彼女の出発についてコメントした：”それははるかに良いMotherdear滞在です…気候が良く、彼女が望むように生きることができ、ゴシップを聞くことができないキエフで”。
キエフでは、マリアは赤十字と病院の仕事に従事し、9月にはロシアに到着してから50周年を迎え、妻なしで来た息子のニコラスIIが訪れました。 皇后アレクサンドラはツァールに手紙を書いた：”あなたが母親を見るときディアは、あなたがどれほど苦しんでいるかを彼女にはっきりと伝えなければならない、彼女は中傷に耳を傾け、それを止めない、それがいたずらをするので、他の人は喜んでいるだろう、私は確信している、私に対して彼女を置くために…”マリアはニコラスIIにラスプーチンとアレクサンドラの両方をすべての政治的影響から取り除くように頼んだが、直後にニコラスとアレクサンドラはツァールの家族とのすべての接触を破った。
ラスプーチンが殺害されたとき、帝国の親戚の一部は、首都に戻り、ツァーリの政治顧問としてアレクサンドラを置き換えるためにその瞬間を使用す マリアはこれを拒否したが、アレクサンドラが国事に対する影響力から取り除かれるべきであることを認めた。 どのように知らないが、それを行う必要があります。 そうでなければ、彼女は完全に怒って行くかもしれません。 彼女は修道院に入るか、単に消えてみましょう。”