El 1 de noviembre de 1894, Alejandro III murió a los 49 años en Livadia. En su diario, María escribió: «Estoy completamente desconsolada y abatida, pero cuando vi la sonrisa dichosa y la paz en su rostro que vino después, me dio fuerza.»Dos días después, el Príncipe y la Princesa de Gales llegaron a Livadia desde Londres. Mientras que el Príncipe de Gales se encargaba de involucrarse en los preparativos para el funeral, la Princesa de Gales pasaba su tiempo consolando a María, incluso rezando con ella y durmiendo a su lado. El cumpleaños de María Fiódorovna fue una semana después del funeral, y como era un día en el que el luto de la corte podía ser algo relajado, Nicolás aprovechó el día para casarse con Alix de Hesse-Darmstadt, quien tomó el nombre de Alejandra Fiódorovna.
Como Emperatriz viuda, María era mucho más popular que Nicolás o Alejandra. Durante la coronación de su hijo, ella, Nicolás y Alejandra llegaron en carruajes separados. Fue recibida con un aplauso «casi ensordecedor». Una escritora visitante, Kate Kool, señaló que » provocó más vítores de la gente que su hijo. La gente ha tenido trece años para conocer a esta mujer y han aprendido a amarla mucho. Richard Harding Davis, un periodista estadounidense, se sorprendió de que fuera saludada más fuerte que el Emperador o la Zarina.»Una vez que la muerte de Alejandro III había retrocedido, María volvió a tener una visión más brillante del futuro. «Todo estará bien», como ella dijo. María continuó viviendo en el Palacio Anichkov en San Petersburgo y en el Palacio Gatchina. En mayo de 1896, viajó a Moscú para la coronación de Nicolás y Alejandra.
Como se construyó un nuevo Tren Imperial para Nicolás II a tiempo para su coronación, el «Tren Imperial Temporal» de Alejandro III (compuesto por los coches que habían sobrevivido al desastre de Borki y unos pocos coches de pasajeros estándar convertidos) fue transferido al uso personal de la Emperatriz Viuda.
Durante los primeros años del reinado de su hijo, María a menudo actuó como asesora política del zar. Inseguro de su propia capacidad y consciente de sus conexiones y conocimientos, el zar Nicolás II a menudo les decía a los ministros que le pediría consejo antes de tomar decisiones, y los ministros a veces lo sugerían ellos mismos. Según los informes, fue por su consejo que Nicolás inicialmente mantuvo a los ministros de su padre. María misma estimó que su hijo era de carácter débil y que era mejor que estuviera influenciado por ella que por alguien peor. Su hija Olga comentó sobre su influencia: «nunca antes se había interesado en lo más mínimo now ahora sentía que era su deber. Su personalidad era magnética y su entusiasmo por la actividad era increíble. Tenía el dedo en cada pulso educativo del imperio. Hacía trizas a sus secretarias, pero no se perdonaba a sí misma. Incluso cuando estaba aburrida en el comité, nunca parecía aburrida. Su manera y, sobre todo, su tacto conquistaron a todos». Después de la muerte de su esposo, María llegó a convencerse de que Rusia necesitaba reformas para evitar una revolución. Según el cortesano Paul Benckendorff, hubo una escena en la que María le pidió a su hijo que no nombrara al conservador Wahl como ministro de asuntos internos: «durante la cual una casi se puso de rodillas rogándole que no hiciera este nombramiento y que eligiera a alguien que pudiera hacer concesiones. Dijo que si Nicholas no estaba de acuerdo, se iría a Dinamarca, y luego, sin mí aquí, que te torcieran la cabeza». Nicolás nombró a su candidato favorito, y según se informa, le dijo a su candidato favorito, el reformista liberal Peter Sviatopolk-Mirsky, que aceptara diciendo: «Debéis cumplir el deseo de mi hijo; si lo hacéis, os daré un beso». Sin embargo, después del nacimiento de un hijo del zar el mismo año, Nicolás II reemplazó a su madre como su confidente y consejera política con su esposa, la emperatriz Alejandra.
El nieto de María Fiódorovna, el príncipe Félix Yusúpov, señaló que tenía una gran influencia en la familia Romanov. Sergei Witte elogió su tacto y habilidad diplomática. Sin embargo, a pesar de su tacto social, no se llevaba bien con su nuera, Zarina Alejandra, haciéndola responsable de muchos de los problemas que acosaban a su hijo Nicolás y al Imperio Ruso en general. Estaba consternada por la incapacidad de Alejandra para ganarse el favor del público, y también por el hecho de que no diera a luz a un heredero hasta casi diez años después de su matrimonio, después de tener cuatro hijas. El hecho de que la costumbre de la corte rusa dictara que una emperatriz viuda tenía prioridad sobre una emperatriz consorte, combinado con la posesividad que María tenía de sus hijos, y sus celos de la emperatriz Alejandra solo sirvieron para exacerbar las tensiones entre la suegra y la nuera. Sophie Buxhoeveden comentó sobre este conflicto:» Sin chocar, parecían fundamentalmente incapaces unable de entenderse el uno al otro», y su hija Olga comentó: «habían tratado de entenderse el uno al otro y fracasaron. Eran completamente diferentes en carácter, hábitos y perspectivas». María era sociable y una buena bailarina, con la habilidad de congraciarse con la gente, mientras que Alejandra, aunque inteligente y hermosa, era muy tímida y se aisló del pueblo ruso.
A principios del siglo XX, María pasaba cada vez más tiempo en el extranjero. En 1906, tras la muerte de su padre, el rey Cristián IX, ella y su hermana Alejandra, que se había convertido en reina consorte del Reino Unido en 1901, compraron la villa de Hvidøre. Al año siguiente, un cambio en las circunstancias políticas permitió que María Fiódorovna fuera bienvenida a Inglaterra por el rey Eduardo VII y la reina Alejandra, la primera visita de María a Inglaterra desde 1873. Después de una visita a principios de 1908, María Fiódorovna estuvo presente en la visita de su cuñado y hermana a Rusia ese verano. Poco menos de dos años después, María Fiódorovna viajó a Inglaterra una vez más, esta vez para el funeral de su cuñado, el rey Eduardo VII, en mayo de 1910. Durante su visita de casi tres meses a Inglaterra en 1910, María Fiódorovna intentó, sin éxito, conseguir que su hermana, ahora Reina Viuda Alejandra, reclamara una posición de precedencia sobre su nuera, la Reina María.
La emperatriz María Feodorovna, la amante del retiro de Langinkoski, también era una conocida amiga de Finlandia. Durante el primer período de rusificación, intentó que su hijo detuviera la restricción de la autonomía del gran principado y que el impopular Gobernador General Bobrikov fuera trasladado de Finlandia a otra posición en la propia Rusia. Durante el segundo período de rusificación, al comienzo de la Primera Guerra Mundial, la Emperatriz Viuda, viajando en su tren especial a través de Finlandia a San Petersburgo, expresó su continua desaprobación por la rusificación de Finlandia al tener una orquesta de un comité de bienvenida tocando la Marcha del Regimiento Pori y el himno nacional finlandés «Maamme», que en ese momento estaban bajo la prohibición explícita de Franz Albert Seyn, el Gobernador General de Finlandia.En 1899, el segundo hijo de María, Jorge, murió de tuberculosis en el Cáucaso. Durante el funeral, mantuvo la compostura, pero al final del servicio, corrió de la iglesia agarrando el sombrero de copa de su hijo que estaba encima del ataúd y se derrumbó en su carruaje sollozando.
En 1892, María arregló el desastroso matrimonio de Olga con Pedro, duque de Oldenburg. Durante años Nicolás se negó a conceder el divorcio a su infeliz hermana, pero cedió en 1916 en medio de la guerra. Cuando Olga intentó contraer un matrimonio morganático con Nikolái Kulikovski, María Fiódorovna y el zar trataron de disuadirla, pero no protestaron con demasiada vehemencia. De hecho, María Fiódorovna fue una de las pocas personas que asistieron a la boda en noviembre de 1916.
En 1912, María se enfrentó a problemas con su hijo menor, cuando se casó en secreto con su amante, para gran indignación y escándalo tanto de María Fiódorovna como de Nicolás.
Maria Feodorovna disgustaba Rasputín y sin éxito, trató de convencer a Nicolás y Alejandra echarlo. Consideraba a Rasputín un charlatán peligroso y se desesperaba de la obsesión de Alexandra con » fanáticos locos, sucios y religiosos. Le preocupaba que las actividades de Rasputín dañaran el prestigio de la familia imperial y pidió a Nicolás y Alejandra que lo enviaran lejos. Nicolás permaneció en silencio y Alejandra se negó. María reconoció que la emperatriz era la verdadera regente y que también carecía de la capacidad para tal posición: «Mi pobre nuera no percibe que está arruinando a la dinastía y a sí misma. Ella cree sinceramente en la santidad de un aventurero, y somos incapaces de alejarnos de la desgracia, que seguramente vendrá. Cuando el zar despidió al ministro Vladimir Kokovtsov en febrero de 1914 por consejo de Alejandra, María volvió a reprocharle a su hijo, quien respondió de tal manera que se convenció aún más de que Alejandra era la verdadera gobernante de Rusia, y llamó a Kokovtsov y le dijo: «A Mi nuera no le gusto; piensa que estoy celosa de su poder. Ella no percibe que mi única aspiración es ver a mi hijo feliz. Sin embargo, veo que nos acercamos a una especie de catástrofe y el Zar no escucha a nadie más que a los aduladores Why ¿Por qué no le dices al Zar todo lo que piensas y sabes if si no es ya demasiado tarde».
IEdit de la Guerra Mundial
En mayo de 1914, María Fiódorovna viajó a Inglaterra para visitar a su hermana. Mientras estaba en Londres, estalló la Primera Guerra Mundial (julio de 1914), lo que la obligó a regresar rápidamente a Rusia. En Berlín, las autoridades alemanas impidieron que su tren continuara hacia la frontera rusa. En su lugar, tuvo que regresar a Rusia a través de Dinamarca y Finlandia (neutrales). A su regreso en agosto, se instaló en el Palacio de Yelagin, que estaba más cerca de San Petersburgo (rebautizado Petrogrado en agosto de 1914) que de Gatchina. Durante la guerra se desempeñó como presidenta de la Cruz Roja de Rusia. Como había hecho una década antes en la Guerra Ruso-Japonesa de 1904-1905, también financió un tren sanitario.
Durante la guerra, había gran preocupación dentro de la casa imperial por la influencia que la emperatriz Alejandra tenía en los asuntos de Estado a través del zar, y se creía que la influencia que Grigori Rasputín tenía sobre ella, ya que se consideraba que provocaba al público y ponía en peligro la seguridad del trono imperial y la supervivencia de la monarquía. En nombre de los parientes imperiales del Zar, tanto la hermana de la Emperatriz, la Gran Duquesa Isabel Fiódorovna, como su prima, la Gran Duquesa Victoria Fiódorovna, habían sido seleccionadas para mediar y pedir a la Emperatriz Alejandra que desterrara a Rasputín de la corte para protegerla a ella y a la reputación del trono, pero sin éxito. En paralelo, varios de los Grandes Duques habían tratado de intervenir con el Zar, pero sin más éxito.
Durante este conflicto de 1916-1917, la Gran Duquesa María Pávlovna, según informes, planeaba un golpe de estado para deponer al Zar con la ayuda de cuatro regimientos de la guardia imperial que fueron a invadir el Palacio Alejandro, fuerza al Zar a abdicar y reemplazarlo con su hijo menor de edad, bajo la regencia de su hijo, el Gran Duque Kirill.
Hay documentos que apoyan el hecho de que en esta situación crítica, María Fiódorovna estuvo involucrada en un plan de golpe de Estado para deponer a su hijo del trono con el fin de salvar a la monarquía. Según los informes, el plan era que María hiciera un ultimátum final al zar para desterrar a Rasputín a menos que él deseara que ella abandonara la capital, lo que sería la señal para desatar el golpe. No se ha confirmado exactamente cómo planeaba reemplazar a su hijo, pero hay dos versiones disponibles: primero, que el Gran Duque Pablo Alejandrovich de Rusia tomaría el poder en su nombre, y que ella misma se convertiría en emperatriz gobernante; la otra versión afirma además que el Gran Duque Pablo Alejandrovich de Rusia reemplazaría al Zar con su hijo, el heredero al trono, el nieto de María, Alexey, sobre el cual María y Pablo Alejandrovich compartirían el poder como regentes durante su minoría de edad. A María se le pidió que hiciera su apelación al Zar después de que la emperatriz Alejandra le pidiera al zar que destituyera al ministro Poliánov. Inicialmente, se negó a hacer la apelación, y su cuñada, la Gran duquesa María Pavlovna, declaró al Embajador francés: «No es la falta de coraje o inclinación lo que la mantiene de espaldas. Es mejor que no lo haga. Es demasiado franca e imperiosa. En el momento en que comienza a sermonear a su hijo, sus sentimientos se van con ella; a veces dice exactamente lo contrario de lo que debería; lo molesta y lo humilla. Luego se mantiene en su dignidad y le recuerda a su madre que él es el emperador. Se dejan el uno al otro furiosos.»Finalmente, sin embargo, se convenció de hacer la apelación. Según se informa, la emperatriz Alejandra fue informada sobre el golpe planeado, y cuando María Fiódorovna le dio el ultimátum al zar, la emperatriz lo convenció de que ordenara a su madre que abandonara la capital. En consecuencia, la Emperatriz Viuda dejó Petrogrado para vivir en el Palacio Mariyinsky en Kiev el mismo año. Nunca más regresó a la capital de Rusia. La emperatriz Alexandra comentó sobre su partida:»Es mucho mejor que Motherdear se quede at en Kiev, donde el clima es mejor y puede vivir como quiera y escuchar menos chismes».
En Kiev, María se dedicó a la Cruz Roja y al trabajo hospitalario, y en septiembre, el 50 aniversario de su llegada a Rusia se celebró con grandes festividades, durante las cuales recibió la visita de su hijo, Nicolás II, que llegó sin su esposa. La emperatriz Alejandra escribió al Zar:» Cuando veas a Motherdear, debes decirle con bastante agudeza lo apenado que estás, que escucha las calumnias y no las detiene, ya que hacen daño y que otros estarían encantados, estoy seguro, de ponerla en mi contra Maria » María le pidió a Nicolás II que eliminara a Rasputín y Alejandra de toda influencia política, pero poco después, Nicolás y Alejandra rompieron todo contacto con la familia del Zar.
Cuando Rasputín fue asesinado, parte de los parientes imperiales le pidieron a María que regresara a la capital y aprovechara el momento para reemplazar a Alejandra como consejera política del Zar. María se negó, pero admitió que Alejandra debía ser apartada de la influencia sobre los asuntos de Estado: «Alejandra Fiódorovna debe ser desterrada. No sé cómo, pero hay que hacerlo. De lo contrario, podría volverse completamente loca. Déjala entrar en un convento o simplemente desaparece.”